Flag標簽系統是利用DNA重組技術將一個短的親水性八肽(DYKDDDDK)融合到目標蛋白中，從而形成融合蛋白。Flag標簽可位于蛋白質的C端或N端，該系統已廣泛應用于各種細胞類型，包括細菌、酵母和哺乳動物細胞等。而利用相應的Flag標簽抗體可對融合蛋白進行檢測和純化，并且能夠大大提高目的蛋白的純化效率。

Flag抗體的作用

• 用于融合蛋白的檢測和純化：在抗融合標簽的單克隆抗體的參與下，可直接通過酶聯免疫吸附實驗( ELISA)、免疫印跡（WB）等方法檢測表達產物的蛋白質水平；抗融合標簽抗體可進行相應融合蛋白的純化。在抗體和目的蛋白的特異性結合條件下，蛋白的親和純化效率會顯著提高。

• 用于尋找相互作用的蛋白質：抗標簽的抗體在熒光標記后可以用于尋找與融合蛋白相互作用的蛋白質(包括目的蛋白的配體或受體)；可利用標簽抗體沉淀與目的蛋白相互作用的蛋白質，并通過進一步的分離、純化與鑒定，即可的到與目的蛋白相互作用的蛋白質的信息。

• 用于探索蛋白質的結構和功能：抗標簽抗體可以用來研究蛋白質分子的功能，特別是用來研究膜受體的功能，因此，在實驗中可以利用抗標簽蛋白抗體的交聯活化受體，代替天然配體來研究受體的信號轉導或功能；將標簽插入信號轉導分子的特定結構域還可以用來研究分子的信號轉導途徑。