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將親和反應的高度選擇性、低處理量特性與沉淀操作的大處理量、地選擇性有機結合形成了親和沉淀技術。將配基與可溶性載體偶聯后形成載體-配基復合物，該復合物與生物分子結合后在一定條件下可以沉淀出來。
配基-載體復合物可以選擇性地與蛋白質結合，溶液中的pH值、離子強度及蛋白質濃度等條件對親和結合的影響力并不大，只有競爭性的配基會降低產物與原配基的親和結合力，甚至使親和結合發生逆轉。
引導產生沉淀的方法有：離子交聯；加入帶相反電荷的聚合物；加入帶相反電荷的疏水基團；改變pH值，誘導產生疏水沉淀；溫度誘導產生沉淀。
親和結合：將親和配基加入到含有目的物蛋白質的溶液中，調節好有關沉淀的條件，使之有利于親和結合。
洗滌：為經過處理的粗制液中發生親和沉淀可能會發生非特異性結合，尤其是使用帶電的聚合物，離子交換的效應將使其他蛋白質共同沉淀，因此在分離目的物之前要洗滌沉淀物。其做法是：加入適當的清洗劑重新溶解沉淀，再沉淀；或在專一性洗脫之前，*清洗沉淀。在上述過程中要始終保持目的蛋白質與配基處于親和結合狀態。
配基-載體復合物與目的蛋白
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