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文獻案例 PCR技術醫學研究領域應用分享

閱讀:881      發布時間:2022-5-24
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 PCR(polymerase chain reaction,PCR)聚合酶鏈反應,是利用一段DNA為模板,在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下,將該段DNA擴增至足夠數量,以便進行結構和功能分析。PCR應用場景廣泛,不僅在基礎研究方面,還包括醫學診斷、法醫學和農業科學等各大領域。

近期多篇醫學研究多篇文獻中均應用到PCR技術及PCR儀產品,小編為大家做一下簡要分享。

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近期南方醫科大學臨床醫學博士生導師、主任醫師王雅棣課題組在醫學期刊《Oncology Research and Treatment》上發表題為Preliminary Clinical Validation of a Filtration-Based CTC Assay for Tumor Burden and HER2 Status Monitoring in Metastatic Breast Cancer的文章,探索研究基于過濾的CTC測定轉移性乳腺癌腫瘤負荷和HER2狀態監測的初步臨床驗證情況。

 

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背景介紹

 

循環腫瘤細胞(CTC,CirculatingTumorCell)是存在于外周血中的各類腫瘤細胞的統稱,因自發或診療操作從實體腫瘤病灶(原發灶、轉移灶)脫落,大部分CTC在進入外周血后發生凋亡或被吞噬,少數能夠逃逸并錨著發展成為轉移灶,增加惡性腫瘤患者死亡風險。CTC檢測通過捕捉檢測外周血中痕量存在的CTC,監測CTC類型和數量變化的趨勢,以便實時監測腫瘤動態、評估治療效果,實現實時個體治療。循環腫瘤細胞 (CTC) 承載著從基因組改變到蛋白質組構成的多維腫瘤相關信息,是一種很有前途的液體活檢材料。 CTC 的臨床有效性在轉移性乳腺癌 (MBC) 中得到了廣泛的研究。  CELLSEARCH®檢測是目前使用廣泛的方法,研究者們同時也在尋求替代策略。一種基于過濾的微流體裝置已被用于富集 CTC,但其臨床相關性仍然未知。

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方法:在這項初步研究中,作者研究團隊招募了 47 名 MBC 患者,并評估了上述 CTC 檢測在腫瘤負荷監測和人表皮生長因子受體 2 (HER2) 狀態測定方面的性能。結果:在基線時,51.1% 的患者 (24/47) 為 CTC 陽性。在伴隨著較差的放射學反應評估的樣本中,CTC 計數和陽性率也顯升高。連續抽血表明,與血清標志物癌胚抗原和癌抗原 15-3 相比,CTC 計數能夠更準確地監測腫瘤負荷。此外,與之前的報告相比,CTC-HER2 狀態與腫瘤-HER2 狀態中度一致。選定樣本中的 HER2 拷貝數測量進一步支持了 CTC-HER2 狀態評估。

結論:這項研究的初步結果表明,CDC 檢測在幾個方面都有希望,包括敏感的 CTC 檢測、準確的疾病狀態反映和 HER2 狀態確定。目前需要更多的研究來驗證這些發現,并進一步表征CTC測定的價值。

在實驗驗證中,柏恒科技RePure-A 梯度PCR儀發揮了一定作用,助力作者實驗研究進行。

 

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而在另一篇發表在《Frontiers in Molecular Biosciences》期刊上的論文,柏恒科技PCR儀也發揮了不小作用。哈爾濱醫科大學附屬二院腎內科主任醫師、博士生及碩士生導師李冰課題組發表的題為Bioinformatic Analysis Combined With Experimental Validation Reveals Novel Hub Genes and Pathways Associated With Focal Segmental Glomerulosclerosis的文章,作者研究團隊利用生物信息學分析與實驗驗證相結合,揭示了與局灶性節段性腎小球硬化相關的新型Hub基因和通路。

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背景介紹:局灶節段性腎小球硬化癥 (focal segmental glomerulosclerosis, FSGS)是一種臨床病理綜合征,臨床表現為大量蛋白尿或腎病綜合征,病理以局灶節段分布的腎小球硬化病變及足細胞變性所致足突融合或消失為特征,多數表現為激素治療抵抗,并進行性發展至終末期腎病 (ESRD)。本研究旨在探索與FSGS相關的樞紐基因和通路,以確定潛在的診斷和治療靶點。

方法:作者團隊從 Gene Expression Omnibus (GEO) 數據庫下載了微陣列數據集 GSE121233 和 GSE129973。數據集包括 25 個 FSGS 樣本和 25 個正常樣本。使用R包“limma”識別差異表達基因(DEG)。Gene Ontology (GO)功能和(KEGG)通路富集分析使用數據庫進行注釋,可視化和集成發現 (DAVID),用于識別 DEG 的通路和功能注釋。蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)是基于檢索相互作用基因(STRING)數據庫的搜索工具構建的,并使用 Cytoscape 軟件進行可視化。然后使用 Cytoscape 的 cytoHubba 插件評估 DEG 的中心基因。使用 FSGS 大鼠模型通過定量實時聚合酶鏈反應 (qRT-PCR) 驗證中樞基因的表達,并進行接受者操作特征 (ROC) 曲線分析以驗證這些中樞基因的準確性。

結果:在兩個 GSE 數據集(GSE121233 和 GSE129973)中共識別出 45 個 DEG,包括 18 個上調和 27 個下調的 DEG。其中,選擇了5個具有高度連通性的樞紐基因。在 PPI 網絡中,前 5 個中樞基因中,FN1 上調,而 ALB、EGF、TTR 和 KNG1 下調。 FSGS大鼠的qRT-PCR分析證實FN1的表達上調,EGF和TTR的表達下調。 ROC 分析表明 FN1、EGF 和 TTR 對 FSGS 顯示出相當大的診斷效率。

結論:通過生物信息學分析結合實驗驗證,鑒定出三個新的 FSGS 特異性基因,這可能會促進對 FSGS 的分子基礎的理解,并為臨床管理提供潛在的治療靶點。

實驗驗證中,實驗團隊應用了柏恒科技熒光定量PCR儀進行樣品測定并分析。

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除了以上列出的幾篇文獻,柏恒科技PCR儀在生物科研、動物疫病等方面均有廣泛應用,下期我們再繼續分享。

 

文獻中PCR儀產品簡介

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RePure系列智能二維梯度PCR儀

本系列PCR儀具有二維梯度摸索功能,多種梯度摸索模式;

自適應壓桿式熱蓋,合蓋緊蓋一步到位;

前進后出式風道,機器可并排放置,節約實驗空間;

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Q3200系列熒光定量PCR儀

本系列熒光PCR儀采用四通道雙16孔模塊設計,可實現一機多用;

最大升降溫速率8℃/s,大大節約實驗時間;

體積小,重量輕,方便攜帶;

 

更多PCR儀技術應用,歡迎關注柏恒科技,我們提供各類梯度PCR儀、熒光PCR儀等,并為客戶提供生物學相關檢測解決方案。

 

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