二維梯度PCR其實就是將多個的PCR反應放在一起做，不用一次一次的作很多次，溫度梯度PCR可以很快的找出適合的退火溫度，或者說可以在適合的退火溫度下擴增出目的條帶。除具標準PCR儀功能外，其梯度模塊還能同時進行多達12個不同退火溫度的PCR反應，在梯度模塊上，可實現對梯度溫度和梯度寬度等參數的調整，自由編程12道溫度，梯度實現不同樣品的退火溫度并同時進行熱循環。僅一次實驗就能確定特定體系相應的退火溫度。從而可在短時間內對PCR實驗進行優化，大大提高PCR科研效率。
二維梯度PCR實驗操作注意事項：
1.戴一次性手套，若不小心濺上反應液，立即更換手套；
2.使用一次性吸頭，嚴禁與PCR產物分析室的吸頭混用，吸頭不要長時間暴露于空氣中，避免氣溶膠的污染；
3.避免反應液飛濺，打開反應管時為避免此種情況，開蓋前稍離心收集液體于管底。若不小心濺到手套或桌面上，應立刻更換手套并用稀酸擦拭桌面；
4.操作多份樣品時，制備反應混合液，先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好，然后分裝，這樣即可以減少操作，避免污染，又可以增加反應的準確度；
5.加入反應模板，加入后蓋緊反應管；
6.操作時設立陰陽性對照和空白對照，即可驗證PCR反應的可靠性，又可以協助判斷擴增系統的可信性；
7.盡可能用可替換或可高壓處理的加樣器，由于加樣器容易受產物氣溶膠或標本DNA的污染，建議使用可替換或高壓處理的加樣器。如沒有這種特殊的加樣器，至少PCR操作過程中加樣器應該專用，不能交叉使用，尤其是PCR產物分析所用加樣器不能拿到其它兩個區；
8.重復實驗，驗證結果，慎下結論。
二維梯度PCR應用領域：分子生物學、醫學、食品工業、司法科學、生物技術、環境科學、微生物學、臨床診斷、流行病學、遺傳學、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達等領域以聚合酶鏈式反應(Picymerase Chain Reaction，PCR)為特征的、以檢測DNA/RNA為目的的各種病原體檢測及基因分析。
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