在高效液相分析檢測樣品的過程中，色譜柱會受到來自于樣品及色譜系統的污染，從而導致色譜柱耐用性差、壽命縮短。保護柱是液相色譜分析中重要的色譜耗材，使用保護柱可大大降低分析柱受污染的程度，延長分析柱使用壽命。
保護柱位于進樣器與分析柱之間， 作用主要兩方面：
1. 截留不溶性顆粒 2. 吸附樣品基質中的雜質
保護柱使用注意事項：
1.專柱專用。避免保護柱成為不同項目的交叉污染源。
2.及時更換保護柱。當峰的理論塔板數下降15%，或是柱壓上升15%，或是關鍵分離度下降15%時，都應該及時更換保護柱。
3.不慎發生強污染時，可以將分析柱卸下，單獨沖洗保護柱，可以使污染物更快的從保護柱中流出。——但是不可以超聲保護柱。
4.獨立式保護柱與分析柱連接時，連接管路盡可能短，且接口切面平滑，盡量減少死體積以降低柱外展寬效應。
5.卡套式保護柱一般未標注液流方向，使用時最好自行標注，并按照標注方向來使用，以免正反向使用后，截留的雜質污染分析柱。
6. 直接填裝的短柱型保護柱，出現柱壓升高或峰型變差時，可不接分析柱進行反向清洗，清洗溶劑可參考分析柱清洗溶劑。
7. 卡套式保護柱，柱芯替換時，注意柱芯與柱套是否存在方向上的匹配，同時不易旋擰過緊，以防滑絲。
8. 保護柱或柱芯一般不建議超聲清洗，因可能對填料表面修飾有影響。
9. 如同一保護柱配不同的分析柱使用，每次使用前，保護柱需先清洗并用流動相平衡保護柱一段時間后，再接分析柱使用。
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