微生物是轉基因zui常用的轉化材料，所以，轉基因微生物比較容易培育，應用也zui廣泛。例如，生產奶酪的凝乳酶，以往只能從殺死的小牛的胃中才能取出，現在利用轉基因微生物已能夠使凝乳酶在體外大量產生，避免了小牛的無辜死亡，也降低了生產成本。
第四類，轉基因特殊食品
科學家利用生物遺傳工程，將普通的蔬菜、水果、糧食等農作物，變成能預防疾病的神奇的“疫苗食品”。科學家培育出了一種能預防霍亂的苜蓿植物。用這種苜蓿來喂小白鼠，能使小白鼠的抗病能力大大增強。而且這種霍亂抗原，能經受胃酸的腐蝕而不被破壞，并能激發人體對霍亂的免疫能力。于是，越來越多的抗病基因正在被轉入植物，使人們在品嘗鮮果美味的同時，達到防病的目的。
轉基因食品功能分類
按轉基因的功能是可以對其分類的。到目前為止，大致可以分成以下幾種類型：
（1）增產型。農作物增產與其生長分化、肥料、抗逆、抗蟲害等因素密切相關，故可轉移或修飾相關的基因達到增產效果。
（2）控熟型。通過轉移或修飾與控制成熟期有關的基因可以使轉基因生物成熟期延遲或提前，以適應市場需求。zui典型的例子是延熟速度慢，不易腐爛，好貯存。
（3）高營養型。許多糧食作物缺少人體必需的氨基酸，為了改變這種狀況，可以從改造種子貯藏蛋白質基因入手，使其表達的蛋白質具有合理的氨基酸組成。現已培育成功的有轉基因玉米、土豆和菜豆等。
（4）保健型。通過轉移病原體抗原基因或毒素基因至糧食作物或果樹中，人們吃了這些糧食和水果，相當于在補充營養的同時服用了疫苗，起到預防疾病的作用。有的轉基因食物可防止動脈粥樣硬化和骨質疏松。一些防病因子也可由轉基因牛羊奶得到。
（5）新品種型。通過不同品種間的基因重組可形成新品種，由其獲得的轉基因食品可能在品質、口味和色香方面具有新的特點。
（6）加工型。由轉基因產物作原料加工制成，花樣zui為繁多。
食用轉基因食品的安全性
是利用新技術創造的產品，也是一種新生事物，人們自然對食用的安全性有疑問。
其實，zui早提出這個問題的人是英國的阿伯丁羅特研究所的普庇泰教授。1998年，他在研究中發現，幼鼠食用轉基因土豆后，會使內臟和免疫系統受損。這引起了科學界的極大關注。隨即，英國*學會對這份報告進行了審查，于1999年5月宣布此項研究“充滿漏洞”。1999年英國的科學雜志《自然》刊登了美國康乃爾大學教授約翰·羅西的一篇論文，指出蝴蝶幼蟲等田間益蟲吃了撒有某種轉基因玉米花粉的菜葉后會發育不良，死亡率特別高。目前尚有一些證據指出潛在的危險。
但更多的科學家的試驗表明是安全的。贊同這個觀點的科學家主要有以下幾個理由。首先，任何一種在上市之前都進行了大量的科學試驗，國家和政府有相關的法律法規進行約束，而科學家們也都抱有很嚴謹的治學態度。另外，傳統的作物在種植的時候農民會使用農藥來保證質量，而有些抗病蟲的無需噴灑農藥。還有，一種食品會不會造成中毒主要是看它在人體內有沒有受體和能不能被代謝掉，轉化的基因是經過篩選的、作用明確的，所以轉基因成分不會在人體內積累，也就不會有害。
比如說，我們培育的一種抗蟲玉米，向玉米中轉入的是一種來自于蘇云金桿菌的基因，它僅能導致鱗翅目昆蟲死亡，因為只有鱗翅目昆蟲有這種基因編碼的蛋白質的特異受體，而人類及其它的動物、昆蟲均沒有這樣的受體，所以無毒害作用。
1993年，經合組織（OECD）提出了的評價原則——“實質等同”的原則，即：如果對各種主要營養成分、主要抗營養物質、毒性物質及過敏性成分等物質的種類與含量進行分析測定，與同類傳統食品無差異，則認為兩者具有實質等同性，不存在安全性問題；如果無實質等同性，需逐條進行安全性評價。
在我國，國家科委于1993年頒布了“基因工程安全管理辦法”，用于指導全國的基因工程研究和開發工作。2000年由國家環保總局牽頭，8個相關部門參與，共同制訂了《中國國家生物安全框架》。
五大隱患
首先是毒性問題。一些研究學者認為，對于基因的人工提煉和添加，可能在達到某些人們想達到的效果的同時，也增加和積聚了食物中原有的微量毒素。
其次是過敏反應問題。對于一種食物過敏的人有時還會對一種以前他們不過敏的食物產生過敏，比如：科學家將玉米的某一段基因加入到核桃、小麥和貝類動物的基因中，蛋白質也隨基因加了進去，那么，以前吃玉米過敏的人就可能對這些核桃、小麥和貝類食品過敏。
第三是營養問題。科學家們認為外來基因會以一種人們目前還不甚了解的方式破壞食物中的營養成分。
第四是對抗生素的抵抗作用。當科學家把一個外來基因加入到植物或細菌中去，這個基因會與別的基因連接在一起。人們在服用了這種改良食物后，食物會在人體內將抗藥性基因傳給致病的細菌，使人體產生抗藥性。
第五是對環境的威脅。在許多基因改良品種中包含有從桿菌中提取出來的細菌基因，這種基因會產生一種對昆蟲和害蟲有毒的蛋白質。在一次實驗室研究中，一種蝴蝶的幼蟲在吃了含桿菌基因的馬利筋屬植物的花粉之后，產生了死亡或不正常發育的現象，這引起了生態學家們的另一種擔心，那些不在改良范圍之內的其它物種有可能成為改良物種的受害者。
zui后，生物學家們擔心為了培養一些更具優良特性，比如說具有更強的抗病蟲害能力和抗旱能力等，而對農作物進行的改良，其特性很可能會通過花粉等媒介傳播給野生物種。
