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電泳槽時凝膠時間不對，那么通常膠在60min，1H內凝，如果凝的太慢，可能是TEMEN，APS劑量不夠或者失效。APS應該現配現用，TEMED不穩定，容易被氧化成黃色。如果凝的太快，可能是APS和TEMED用量過多，此時膠太硬易裂，電泳時易燒膠。
紋理和托尾現：由于樣品溶解不佳引起的，克服的方法可以在加樣前離心，增加一些增溶輔助試劑如尿素。
蛋白帶過寬，與鄰近泳道的蛋白帶相連時由于加樣量太多，可以減少上樣量。
電泳時間比正常要長。可能由于凝膠緩沖系統和電極緩沖系統的PH選擇錯誤，即緩沖系統的PH和被分離物質的等電點差別太小，或緩沖系統的離子強度太高。
指示劑成微笑符號(指示劑前沿呈現向上的曲線形)，說明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，導致分子有不同的遷移率所致。
指示劑成哭臉符號(指示劑前沿呈現向下的曲線形)，由于電泳槽的裝置不合適，尤其是凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不*。
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