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選擇合適的濾紙可透過考慮以下四種因素而作決定。
硬度：濾紙在過濾時會變濕，一些長時間過濾的實驗步驟應考慮使用濕水后較堅韌的濾紙。
過濾效率：濾紙上滲水小孔的疏密程度及大小，影響著它的過濾效率。高效率的濾紙過濾速度既快，而且分辨率也高。
容量：過濾時積存的固體顆粒或會阻塞濾紙上的小孔，因此滲水小孔愈密集，也就表示其容量愈高，容許過濾的濾汶愈多。
適用性：有些濾紙是采用特殊的制作步驟而完成的，例如在檢驗醫藥中用于測定血液中的氮含量，必須使用無氮濾紙等。
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