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ThruPLEX法血漿cell-free DNA測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建
閱讀：2337發(fā)布時(shí)間：2018-3-30
Rubicon公司擁有ThruPLEX®和PicoPLEX®技術(shù)。特殊的引物或接頭設(shè)計(jì)，能以微量DNA樣本起始構(gòu)建下一代測(cè)序文庫(kù)。
ThruPLEX用于cfDNA-液體活檢樣品
液體活檢樣品包括
循環(huán)核酸
– Cell-free DNA (cfDNA)
循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）占一小部分
– Cell-free mRNA
– Cell-free miRNAs, long non-coding RNA
循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTCs）
– 從實(shí)體瘤釋放到血液中的腫瘤細(xì)胞
外泌體
– 小的膜衍生囊泡（40–100 nm）包含：
exoDNA；microRNAs, mRNAs；蛋白，脂類。
其中游離核酸通常從血漿和血清中分離（也存在于尿液和腦脊液中），受個(gè)性化醫(yī)療和液體活檢前景的推動(dòng)（無(wú)創(chuàng)，早期檢測(cè)，監(jiān)控）。 對(duì)cfDNA測(cè)序的關(guān)注高于cfRNA。
Cell-free DNA的特點(diǎn)
降解
包含單體，二聚體，三聚體的核小體DNA fragment
成分和產(chǎn)量高度可變 （病人和疾病相關(guān)）
小分子，分子大小~170 bp
如何進(jìn)行cell-free DNA測(cè)序？
基于擴(kuò)增技術(shù)的靶向測(cè)序
– 用于基因組重點(diǎn)區(qū)域檢測(cè)的小型panel
– 如 Thermo AmpliSeq, Illumina TruSight, ArcherDX VariantPlex, etc
全基因組測(cè)序
– 標(biāo)準(zhǔn)覆蓋度30X至60X
用于SNP, InDel, CNV, SV
價(jià)格高，很少研究者用于cfDNA分析
– 低覆蓋度（測(cè)序深度淺）0.1到2X
用于CNV
樣本起始量低
基于雜交技術(shù)的靶向測(cè)序
– 外顯子組50X 至100X， panels 150X 至300X
分析SNP, InDel, CNV, SV
全基因組測(cè)序和基于雜交技術(shù)的靶向測(cè)序適用產(chǎn)品
起始量 50 pg-50 ng
起始量1 ng-30 ng 優(yōu)化用于cell-free DNA
超深度靶向測(cè)序
– Panels 1,000X 至10,000X；體細(xì)胞突變頻率<5% allele frequency
帶有分子標(biāo)簽 起始量1 ng-50 ng
ThruPLEX已被很成熟的用于cell-free DNA研究
文獻(xiàn)一
Kitzman et al. 2012. Noninvasive Whole-Genome Sequencing of a Human Fetus. Science Translational Medicine.
作者：華盛頓大學(xué)Jay Shendure Lab Jacob Kitzman現(xiàn)任密歇根大學(xué)助理教授
• 概念驗(yàn)證研究，展示了通過(guò)無(wú)創(chuàng)方法確定胎兒基因組序列。
• ThruPLEX用于從母體血漿樣品中分離的游離DNA構(gòu)建NGS文庫(kù)。
文獻(xiàn)二
Murtaza et al. 2013. Non-invasive analysis of acquired resistance to cancer therapy by sequencing
of plasma DNA. Nature.
作者：英國(guó)癌癥研究中心（Cancer Research UK）Nitzan Roselfeld Lab Muhammed Murtaza現(xiàn)任Tgen（Translational Genomics Research Institute）和梅奧診所（Mayo Clinic）助理教授
• 通過(guò)對(duì)病人的游離DNA測(cè)序?qū)崿F(xiàn)無(wú)創(chuàng)突變檢測(cè)
• 采用ThruPLEX利用cfDNA構(gòu)建NGS文庫(kù)，對(duì)病人循環(huán)腫瘤DNA進(jìn)行全外顯子組分析
• 展示了在治療前后檢測(cè)腫瘤演變的能力
Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國(guó)密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù)，檢控嚴(yán)格，擁有cGMP級(jí)生產(chǎn)能力，是單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。
華雅旗下紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司2018年，與TAKARA繼續(xù)合作，授權(quán)代理（上海）Rubicon和Cellartis 試劑。紅榮微再以“傳遞科學(xué)價(jià)值，服務(wù)科學(xué)研究”為宗旨，主營(yíng)干細(xì)胞、醫(yī)療、細(xì)胞治療、器官再生四大板塊的產(chǎn)品。
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