氣相色譜的分析對象是在校溫下具有一定的揮發(fā)性、對熱穩(wěn)定購物質(zhì)。因此它只限于分析氣體和沸點低的化合物或揮發(fā)性的衍生物。而液相色譜由于以液體作為流動相，只要被分析的物質(zhì)在選用的流動相中有一定的按解度，便可以分析，所以適用性廣，不受樣品揮發(fā)性和熱穩(wěn)定性的限制，特別適合于那些沸點高、極性強、熱穩(wěn)定性差的化合物，例如，生化物質(zhì)和藥物、離子型化合物、熱穩(wěn)定性差的天然產(chǎn)物等。在目前已知的有機化臺物中，只有20%樣品可不經(jīng)化學處理而能滿意地用氣相色譜分離，80%的有機化合物要用液相色譜分析。
 
    氣相色譜中流動相是惰性的，它對組分沒有作用力，僅起運載作用、而液相色譜的流動相不僅起運載作用，而且流動相對組分有一定親合力，可以通過改變流動相種類和組成提高分離的選擇性，另外可作流動相的化合物多，選擇余地廣。

    與氣相色譜相比，液相色譜儀的另一個優(yōu)點是樣品的回收比較容易，只要開口容器放在柱子末端，就可以很容易地將所分離的各組分收集。回收是定量的，可以用來提純和制備具有足夠純度的單一物質(zhì)。
 
    液相色譜不足的是，日前檢測器的靈敏度不及氣相色譜。必須特別注意“柱外效應(yīng)”對柱效率及色譜分離的影響。