即使樣品和流動相已做過前處理，也仍難以完成避免柱子受到污染，因此必須對柱子行清洗。清洗應定期進行，如果在短期內分析許多樣品，則以每日清洗一次為宜，至少也應一周一次，防止有太多的雜質在柱上堆積。

反相柱的常規洗滌辦法是：分別取甲醇、三氯甲烷、甲醇-水各20倍柱體積（既對于一根4.6mmX25cm的柱來說，通常是50-60ml，而對于9.4mm內經X50cm的柱來說，通常是500-600ml） ，使之通過柱子。然后用流動相平衡（通常仍用20倍柱體積），柱一般將恢復正常。如果選擇性仍和以前不一樣，則表明還有其他雜質留在柱子里，這時應考慮更加嚴格的清洗：先用20倍柱體積的水，再用相同體積0.05mol/L硫酸，zui后用流動相溶劑。酸洗常能洗下有機溶劑所不能洗下的剩余雜質。在低pH值下做長期（一天或更長）清洗是不適宜的，但50ml洗液以2ml/min的速度清洗25min，一般對健合相沒有損害。注意，強堿不能用來清洗任何微粒硅膠柱（不論是健合相還是非健合相），因為硅膠骨架會溶解。對于嚴重污染的反相柱，只能采用再生的方法。 

2．液相色譜柱柱頭空隙的處理 

拆下不銹鋼燒結過濾器后，檢查柱床，常可見柱頭塌陷，此時先剔掉無規則床層和帶色填料，使柱床呈白色并*水平，再使甲醇作糊狀填料勻漿液，將填料勻漿液滴在柱上靠重力從勻漿液中排出甲醇液，重復數次，直到水平，完成了柱的再生。此時，如果柱頭孔隙深度小于1cm，可以采用下述局部重裝的辦法，否則，柱應當*重裝或更換。

柱入口局部重裝時采用的填料可以和原填料一樣，也可以用玻璃珠。粒徑大于20um的可用敲打充填法干裝。如果粒徑小于20um則要用合適的溶劑配成勻漿，勻漿逐次加入，每次加入前都要使上一次加入的全部沉降。把孔隙填滿后，用刮刀將填料刮平，更換柱入口接頭，把柱重新接到液相儀器上，慢慢地增加流動相流速和系統壓力，直到操作上限為止。讓相當于10-20 倍柱體積的流動相通過柱子，然后逐漸降低流速，并使壓力降為零，再把柱子卸下來，并卸下入口接頭，觀察柱的入口。此時孔隙應當減小，但是由于新加入的填料在系統的操作壓力下壓入柱頭，孔隙不可能一次就被全部充滿。重復上述重裝過程，直到柱上加不進更多的填料為止。一旦柱子填充完畢，可加進混合樣品，測定柱子的性能是否已經改善。