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小鼠、大鼠（或豚鼠）灌胃時將灌胃針安在注射器上，吸入藥液。左手抓住鼠背部及頸部皮膚將動物固定，右手持注射器，將灌胃針插入動物口中，用灌胃針管壓其上腭，使口腔和食道成一條直線，再沿咽后壁徐徐插入食管。針插入時應無阻力。若感到阻力或動物掙扎時，應拔出重插，以免損傷或穿破食管以及誤入氣管（圖1）
圖1
一般當灌胃針插入小鼠3～4cm，大鼠或豚鼠4～6cm后可將藥物注入。常用的灌胃量小鼠為0.2～1ml，大鼠1～4ml，豚鼠為1～5ml。
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