目前常用的基因分型手段主要是基于NGS的簡化基因組方法，包括GBS、RAD、ddRAD等，這些簡化基因組方法都能夠提供開放、無偏差的基因分型，但卻沒有一種技術(shù)可以實現(xiàn)針對靶向基因區(qū)的高效分型——單基因、基因家族、啟動子和增強子、基因簇及非編碼基因等都可能含有重要的與表型變異密切相關(guān)的多態(tài)性。因為傳統(tǒng)的簡化基因組技術(shù)，由于其以隨機的方式研究遺傳變異，獲取的信息大部分在這些區(qū)域之外，就導(dǎo)致了有價值標(biāo)記的檢測缺失。雖然經(jīng)典的微陣列的方法可以規(guī)避這一缺漏，但卻存在著當(dāng)基因池改變時會出現(xiàn)較強的檢測偏差和較差的可重復(fù)性問題。

目前，大規(guī)模基因分型的困難：

1. 基因芯片：可以測大量SNP，但很難新增SNP

2. 熒光定量PCR：價格便宜，但可測的SNP數(shù)量有限

3. 全基因組測序：可以測大量SNP，但費用高

4. RAD-Seq/GBS: 無法靶向目標(biāo)區(qū)域

5. 目標(biāo)區(qū)域捕獲：實驗耗時長，必須測通插入片段

6. 擴增子測序：優(yōu)化困難，規(guī)模小，不靈活

SPET靶向基因分型，提供了一種快速、可擴展、高效經(jīng)濟的單引物富集技術(shù)（SPET），基于新一代測序技術(shù)對各類生物樣本的特異性靶向區(qū)域SNP進(jìn)行有針對性的測序分型。該方法可以通過捕獲每個靶向測序序列的SNP特異性數(shù)據(jù)點，提供豐富有效的測序數(shù)據(jù)，不僅有效獲得靶向區(qū)分型結(jié)果，更可以快速構(gòu)建具有可擴展性及低成本單SNP位點檢測流程。

技術(shù)流程如下：

1. 將基因組酶切打斷，該步驟操作便捷，可實現(xiàn)自動化；

2. 將片段化的基因組接上indexed adaptor ，DimerFree技術(shù)可消除接頭二聚體的形成;

3. 針對靶向區(qū)域設(shè)計的探針捕獲目標(biāo)區(qū)域捕獲；

4. 擴增后獲得靶向區(qū)域序列文庫，測序后得到分型結(jié)果。

SPET靶向基因分型通過探針設(shè)計及“雞尾酒"式的酶切組合進(jìn)行基因組片段化，能夠有效地將SNP控制在測序讀長范圍內(nèi)，輔以優(yōu)化過的探針設(shè)計，確保SNP可通過單端測序測序模式檢出。退火位點的設(shè)計也規(guī)避了已知多態(tài)性位點的位置，以確保擴增過程不會因此而造成偏倚。如果選擇雙端測序測序，還可在read 2中獲得新的未知多態(tài)性位點信息，充實研究結(jié)果。

SPET靶向基因分型的優(yōu)勢如下：

• 方便在自動化工作站上建庫

• 設(shè)計靈活

• 可擴展復(fù)用

• 集成了酶促打斷

• 低起始量（10 – 1100 ng）

• 高檢測通量（100 – >100,000 SNPs）

• 建庫周期短（<24 h）

截至目前，已有包括人，動物，植物在內(nèi)的多個物種開展了基于SPET技術(shù)的基因分型， SNP在一管內(nèi)的位點達(dá)到了30萬。該技術(shù)特別適合中高通量的基因分型，同時具備優(yōu)化SNP的靈活特性。