詳細(xì)介紹
公司產(chǎn)品僅供科研研究使用、不得用于臨床診斷!
貨號(hào) | 產(chǎn)品名稱 | 規(guī)格 |
A-PJ1034 | RAPA3G動(dòng)物組織直擴(kuò)PCR試劑盒 | 80T(50 μl 體系) |
RAPA3G DNA 聚合酶為經(jīng)電子重構(gòu)架的第三代 Taq DNA 聚合酶,第三代 DNA 聚合酶具有高度的雜質(zhì)耐受性、 長(zhǎng)片段擴(kuò)增能力、高擴(kuò)增成功率、高產(chǎn)量,這些特點(diǎn)使得 RAPA3G 系列產(chǎn)品可用于粗制樣品的直接擴(kuò)增,無需核酸純 化步驟。該 PCR Mix 具有 5’-3’的聚合酶活性、5’-3’的外切 酶活性、3’-5’的外切酶活性,產(chǎn)物部分帶有"A“尾巴,部 分為平末端,因此產(chǎn)物可用于 TA 克隆或平端克隆。
特點(diǎn)和用途:
(1)高雜質(zhì)耐受性:該 PCR Mix 可直接使用血液、蛋白含量較高的動(dòng)物組織材料進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,無需基因組提取。
(2)高效的快速 DNA 釋放劑:盡管該 PCR Mix 可以直接使用組織細(xì)胞材料進(jìn)行擴(kuò)增,但我們?nèi)匀煌扑]采用 DNA 釋放劑進(jìn)行樣本的快速前處理(約需要 5min,可高通量操作)。DNA 釋放劑的前處理,使得制備的 DNA 模板可以進(jìn)行多次、多基因擴(kuò)增,并長(zhǎng)期保存 DNA,經(jīng) DNA 釋放劑處理的樣本,在室溫條件下放置 1 個(gè)月,無任何后續(xù)影響,-20 可長(zhǎng)期保存。
(3)快速 PCR:該酶具有 6kb/min 以上的擴(kuò)增速度,可顯著的縮短 PCR 的擴(kuò)增時(shí)間,在常規(guī)測(cè)試條件下,10s 的延伸時(shí)間可完成 1kb 的基因組 DNA 擴(kuò)增。
(4)粗制樣品的擴(kuò)增能力:擴(kuò)增能力>4kb。
(5)高保真性能:該制品包含一定比例的 RAPA HiFi 超保真 DNA 聚合酶,因此其具有一定的保真性能(經(jīng)藍(lán)白斑測(cè)試,其保真性能約為 Taq DNA 聚合酶的 56 倍)。
(6)熱啟動(dòng),防止非特異性擴(kuò)增:RAPA3G 系列產(chǎn)品均采用 專有的熱啟動(dòng)技術(shù),確保 50 度以下無活性,僅有 95 度加熱 5min 以后才能恢復(fù)其活性,因此可最大限度的提高擴(kuò)增的特異性,減少非特異性產(chǎn)物的產(chǎn)生。
包裝:
2×RAPA3G PCR Mix (with Dye) 1ml×2
快速 DNA 釋放劑 A 20 ml
快速 DNA 釋放劑 B 20 ml
儲(chǔ)存:長(zhǎng)期儲(chǔ)存置于-20°C 以下,可保存 2 年;短期使用置于 4°C(3 個(gè)月)保存。
使用方法
1. DNA 釋放
(1)采用加熱法:取 2-10 個(gè)毛發(fā)囊、1-10mg 動(dòng)物組織等材料,放入到 0.2ml EP 管中,加入 50 μl 快速 DNA 釋放劑A,于 PCR 儀中 98°C 加熱 5min,加熱完畢后加入 50 μl快速 DNA 釋放劑 B,混合均勻,即可使用。
(2)采用鋼珠研磨法:取 1-10mg 動(dòng)物組織等材料,放入到 2ml EP 管中,加入 250 μl 快速 DNA 釋放劑 A 和 2-3 粒鋼珠,研磨 1-2min 成漿體裝。研磨完畢后加入 250 μl 快速DNA 釋放劑 B,混合均勻,即可使用。
2. 按下表配制 PCR 反應(yīng)體系并混合均勻:
2×RAPA3G PCR Mix (with Dye) 25 μl
上游引物(10 μM) 2 μl
下游引物(10 μM) 2 μl
步驟 1 制備的模板 DNA 2 μl
ddH2O 19 μl
注意:當(dāng)擴(kuò)增片段>5kb 時(shí),引物用量調(diào)整為 0.25-0.5μl。
3. PCR 擴(kuò)增循環(huán)參數(shù)
循環(huán)數(shù) 溫度 時(shí)間
預(yù)變性 95°C 5min
25-40 Cycles
95°C 20s
50~60°C 20s
72°C 4-6kb/min
末延伸 72°C 2min
請(qǐng)注意:(1)該制品為熱啟動(dòng)制品預(yù)變性步驟 5min 不可縮短,否則 DNA 聚合酶無法恢復(fù)活性。(2)當(dāng)擴(kuò)增片段<1kb時(shí),延伸時(shí)間使用 1-2kb="" 2-3kb="">3kb 時(shí),請(qǐng)按照 2kb/min 的延伸時(shí)間進(jìn)行設(shè)置。(3)盡管該酶具有 6kb/min 的延伸速度,但按照 2kb/min 設(shè)置延伸時(shí)間的條件下,能獲得最高的產(chǎn)量。
3. 注意事項(xiàng):(1) 當(dāng)模板 GC 含量>70%時(shí),請(qǐng)?zhí)砑?× Q-Solution。(2)當(dāng)采用全血、血漿等蛋白含量的樣本時(shí),擴(kuò)增完畢后可能會(huì)有變性的蛋白沉淀,請(qǐng)離心后再進(jìn)行點(diǎn)樣和電泳。
PCR 反應(yīng)需要使用哪些試劑和設(shè)備?
試劑:
模板DNA:PCR反應(yīng)需要模板DNA,如從細(xì)胞、組織、血液中提取DNA等;引物:PCR反應(yīng)的兩個(gè)引物,分別與模板DNA的兩端配對(duì)擴(kuò)增所需的特定區(qū)域,引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物;dNTPs:PCR反應(yīng)中需要四種dNTPs,包括脫氧腺苷酸(dATP)、脫氧胸苷酸(dCTP)、脫氧鳥苷酸(dGTP)、脫氧胞嘧啶酸(dTTP),用于細(xì)胞分裂、DNA合成等生物學(xué)過程,用于PCR擴(kuò)增的模板DNA鏈的延伸和擴(kuò)增;Taq DNA聚合酶:PCR反應(yīng)需要的聚合酶,一般使用Taq聚合酶,還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等,用于擴(kuò)增DNA鏈;PCR buffer溶液:對(duì)PCR反應(yīng)具有緩沖作用,調(diào)節(jié)反應(yīng)pH,硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機(jī)化合物如甲醛,可增強(qiáng)PCR反應(yīng)特異性,從而提高反應(yīng)效率;酶切體系:PCR擴(kuò)增往往涉及到重組、構(gòu)建和測(cè)序等等實(shí)驗(yàn)步驟,常常需要進(jìn)行酶切操作。MARK:一種分子量標(biāo)準(zhǔn),用來判別DNA片段大小的工具。DNA純化試劑盒:用于純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物;
設(shè)備:
PCR儀:用于控制反應(yīng)溫度,保證PCR反應(yīng)時(shí)不同溫度環(huán)節(jié)的嚴(yán)格控制;電泳槽:用于分離PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;核酸提取儀:從組織樣本中全自動(dòng)提取核酸。 這些試劑和設(shè)備在PCR分子生物學(xué)技術(shù)中均是,只有在有序齊全的基礎(chǔ)上,才能進(jìn)行PCR反應(yīng)并得出準(zhǔn)確結(jié)果。
PCR相關(guān)基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn):
PCR反應(yīng)基本步驟一般的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)由20到35個(gè)循環(huán)組成,每個(gè)循環(huán)包括以下3個(gè)步驟:
一、變性:
利用高溫(93-98℃)使雙鏈DNA分離。高溫將連接兩條DNA鏈的氫鍵打斷。在第一個(gè)循環(huán)之前,通常加熱長(zhǎng)一些時(shí)間以確保模板和引物分離,僅以單鏈形式存在。該步驟時(shí)間1-2分鐘,接下來PCR儀就控制溫度進(jìn)入循環(huán)階段。
二、退火或稱接合,復(fù)性:
在DNA雙鏈分離后,降低溫度使得引物可以結(jié)合于單鏈DNA上。此階段的溫度通常低于引物熔點(diǎn)5℃。錯(cuò)誤的退火溫度可能導(dǎo)致引物不與模板結(jié)合或者錯(cuò)誤地結(jié)合。該步驟時(shí)間1-2分鐘。
三、延伸:
DNA聚合酶由降溫時(shí)結(jié)合上的引物開始沿著DNA鏈合成互補(bǔ)鏈。此階段的溫度依賴于DNA聚合酶。該步驟時(shí)間依賴于聚合酶以及需要合成的DNA片段長(zhǎng)度。傳統(tǒng)的Taq估計(jì)合成1000bp/min、較新的Tbr(來自于嗜熱菌Thermus brockianus)約40秒、商業(yè)公司生產(chǎn)的融合型聚合酶僅需約10-15秒。
PCR反應(yīng)條件優(yōu)化:
1、變性溫度和時(shí)間:
保證模板DNA解鏈?zhǔn)潜WC整個(gè)PCR擴(kuò)增成功的關(guān)鍵。加熱90~95°C, 30~60s,再?gòu)?fù)雜的DNA 分子也可變性為單鏈。溫度過高或高溫持續(xù)時(shí)間過長(zhǎng),可對(duì)Taq酶活性和dNTP分子造成損害。
2、復(fù)性溫度和時(shí)間:
PCR擴(kuò)增特異性取決于復(fù)性過程中引物與模板的結(jié)合。復(fù)性溫度越高,產(chǎn)物特異性越高。復(fù)性溫度越低,產(chǎn)物特異性越低。需根據(jù)引物的Tm值具體設(shè)定。
3、延伸溫度和時(shí)間:
一般位于Taq酶最適作用溫度70~75°C之間。引物小于16個(gè)核苷酸時(shí),過高的延伸溫度不利于引物與模板的結(jié)合,可以緩慢升溫到70~75°C。延伸反應(yīng)時(shí)間,可根據(jù)待擴(kuò)增片段的長(zhǎng)度而定,小于1kb, 1min足夠;大于1kb需加長(zhǎng)延伸時(shí)間。Taq酶可根據(jù)1kb/min增加時(shí)間。這里需要注意,延伸時(shí)間過長(zhǎng)可能出現(xiàn)非特異擴(kuò)增。因此需要設(shè)置恰到好處的延伸時(shí)間。
4、循環(huán)數(shù):
其他參數(shù)選定后,PCR循環(huán)次數(shù)主要取決于模板DNA的濃度。理論上說20?25次循環(huán)后,PCR產(chǎn)物的積累即可達(dá)到最大值,實(shí)際操作中由于每步反應(yīng)的產(chǎn)率不可能達(dá)到100%,因此不管模板濃度是多少,20~30次是比較合理的循環(huán)次數(shù)。循環(huán)次數(shù)越多,非特異擴(kuò)增增加。
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