詳細介紹
商品屬性:
產品名稱 | 規格 | 貨號 |
Bst 4.0 Basic Mix(with UDG) | 100T | A-PJ1013 |
Bst 4.0 Basic Mix(with UDG) | 2000Tx25μl | A-PJ1013 |
該制品為雙組分的試劑,Basic Buffer Mix 包含了反應緩沖液、Mg2+、dU/A/C/GTP(不含 dTTP)、凍干賦形劑,酶 Mix 包含 Bst 4.0 DNA/RNA 聚合酶、熱敏 UDG。得益于 Bst 4.0 識別 dUTP 底物,反應底物中不包含dTTP,因此擴增產物均為 dUTP 產物,在配合熱敏 UDG的情況下,實現防污染性能。在實際測試中,含有 10e5Copies 的污染物的條件下,抑制污染擴增。本制品尤其適用于開蓋的 LAMP 反應(如試紙條檢測)、密封腔體(污染風險較高)的檢測試驗(如定量 PCR腔體)。
試劑使用特點:
(1)Basic Buffer Mix 中不含染料,可自行添加 SYBR Green、Eva Green 等染料進行熒光檢測。
(2)本試劑適用于開蓋檢測如核酸試紙條檢測。
(3)試劑中含有凍干賦形劑,試劑可直接凍干,無需再優化凍干配方。
儲存:-20℃保存 1 年;-80℃保存 2 年;短期使用放置于2-8℃,保存 1 個月。反復凍融 10 次,不影響使用。如有白色沉淀,于 37℃水浴放置 10min 后溶解沉淀,不影響使用。
使用方法:
1. 配制 LAMP 反應體系
2.5xBst4.0 Basic BufferMix 10 μl
25xBst4.0/UDG Enzyme 1 μl
10xLAMP Primer Mix 2.5 μl
模板 DNA/RNA X μl
ddH2O 到總體積 25 μl
10xLAMP Primer Mix 濃度:FIP/BIP 分別為 16 μM、LoopF/B 分別為 4~8 μM、F3/B3 分別為 2 μM。
注意:如何應用核酸試紙條進行特異性檢測,可來信咨詢。
2. 反應體系配好后,室溫(25-37°C)放置 2min,以消化去除潛在的核酸污染,隨后置于 65°C 進行反應15~30min。
試劑凍干策略(有凍干經驗人員操作):
1. 配制 LAMP 凍干體系
2.5xBst4.0 Basic BufferMix 10 μl
25xBst4.0/UDG Enzyme 1 μl
10xLAMP Primer Mix 2.5 μl
ddH2O 到體積 1.5 μl
凍干總體積 15 μl
2. 體系配制完畢后,加入 0.2 ml EP 管進行上機凍干。該試劑的凍干體積為 15 μl, 檢測反應體積為 25 μl。
特別說明:
(1)本試劑防污染原理為:熱敏 UDG 消化去除含有 dUTP的擴增產物,熱敏 UDG 在隨后 50℃以上迅速失活,并不影響后續 LAMP 擴增。因此,本試劑無法去除采用 dTTP擴增的污染物,也不能消化天然的核酸底物(DNA/RNA)。為避免擴增氣溶膠污染,實驗室應長期使用本試劑進行實驗,一旦使用 dTTP 試劑擴增后,造成實驗室污染,采用本試劑不會消除假陽性擴增。
(2)本試劑適用基于 OG 染料變色法、SYBR Green 法、基于 Biotin/FAM 探針的核酸膠體金法( 具有膠體金法特異性使用策略,如需技術支持,請來信咨詢)。本試劑不支持 HNB、pH 顯色法。其它使用策略自行優化調整。
(3)基于本試劑, 提供凍干制備服務。八聯管起訂量 480T,凍干球起訂量 2000T。
PCR基本步驟及注意事項?
一、實驗原理
PCR是體外人工選擇性擴增DNA的一種方法,它類似于生物體內DNA的復制。在生物體內DNA復制需要模板、引物、DNA聚合酶、DNA解旋酶、 dNTPs;而體外PCR反應同樣需要類似的成分,有模板、引物、PCR Buffer、Taq酶、dNTPs。其中引物是人工設計的特定序列,實現對特定位置的擴增;PCR Buffer提供一個反應的緩沖環境;反應過程同生物體內一樣,DNA雙鏈打開,引物結合模板,延伸形成新鏈。而這些過程在生物體內靠DNA解旋酶解鏈,而在體外在通過控制反應溫度實現的。如常用94℃變性模板DNA打開雙鏈,在退火溫度處引物結合到模板上,最后在72℃完成延伸,并反復重復此過程即可實現對特定片段DNA的大量擴增。到第三循環開始才產生出和靶DNA區段相同的DNA分子,進一步循環地產生出靶DNA區段的指數加倍。
在擴增后期,由于產物積累,使原來呈指數擴增的反應變成平坦的曲線,產物不再隨循環數而明顯上升,這稱為平臺效應。平臺期(Plateau)會使原先由于錯配而產生的低濃度非特異性產物繼續大量擴增,達到較高水平。因此,應適當調節循環次數,在平臺期前結束反應, 減少非特異性產物。到達平臺期(Plateau)所需循環次數取決于樣品中模板的拷貝。
二、主要的成分
1.模板可以是多種形式,主要包括基因組DNA、質粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA、PCR產物,cDNA等,但不能為RNA。對于不同類型的模板,其主要不同在于預變性的時間以及模板的量。一般對于大的基因組DNA預變性時間10min足夠,質粒DNA2min、攜帶病毒的基因組DNA預變性2min、PCR產物預變性2min即可。
注意cDNA為單鏈DNA,但仍可做PCR的模板,只不過在第一輪循環時只有一個引物結合,合成另一條鏈。從第二輪開始,兩個引物均與特異位點結合,從而實現了與常規PCR的接軌。而同作為單鏈的RNA卻不能進行PCR擴增,原因就在于實現PCR反應的是DNA聚合酶,只能特意識別DNA鏈。
2.對于模版的量來說,一般25ul體系DNA的質量為50—100ng。對于基因組DNA由于其結構比較復雜,提取的濃度也往往比較大,為防止濃度過大對PCR造成影響,故需對提取的DNA進行梯度稀釋。否則濃度過高則可能會引起非特異性擴增。對于質粒及PCR產物由于其結構簡單,且提取濃度一般較低,則無需稀釋。
PCR實驗中應該注意的問題有哪些?
沒有ct值
檢測結果遇到沒有Ct值情況,排查是否有以下問題:
1、循環數不夠(一般不超過45循環,不僅背景值提高,定量也不準);
2、PCR程序設置錯誤,檢測熒光信號的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時采集,TaqMan法則一般在退火結束時或延伸時采集信號,另外熒光采集是否選中;
3、引物或探針降解。可通過PAGE電泳檢測引物和探針是否降解;
4、模板量可能降解或上樣量不足(不超過500ng,根據試劑盒說明書即可), 對未知濃度的樣本應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發生模板降解,應考慮樣本準備中雜質的引入及反復凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲備,避免反復凍融;
5、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內含子,以確保擴增基因組DNA;上下游引物Tm值超過4℃以上也會影響擴增)。
ct值過晚
在相對定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對定量中, 對低拷貝數的樣品,Ct值會增大, 但是一般不宜超過40循環, 否則定量不準確。
因此,判斷Ct值出現過晚是否屬于非正常情況, 需要根據具體實驗設計和目的進行。
1、擴增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進行優化;引物或探針設計不合理, 需要重新設計;
2、PCR程序不合適, 改用三步法進行反應, 或者優化退火/延伸溫度, 可以適當降低退火溫度; 退火/延伸時間短(可以在推薦的時間條件下延長10s);
3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應成分的降解或加樣量的不足;
4、PCR產物太長。PCR產物設計超過500bp;
5、模板中存在抑制物。用高純度模板進行PCR檢測或將模板進行稀釋。
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