水的常規滅菌處理為投藥與紫外線滅活。例如目前廣泛作為飲料水的純凈水就是經反滲透脫鹽后，再經紫外線殺菌處理的。小容量用水（小于10t/h），可以使用二氧化氯或臭氧殺菌。工業上生產中則以氯氣或次氯酸鈉為多見，也可使用二氧化氯或臭氧。外購的氯氣用鋼瓶貯存，用加氯機投加，電解食鹽（或海水）得到的是次氯酸鈉，無需投加設備，即可送入被處理水中。
臭氧用凈化過的空氣經高壓放電裝置制取，目前有中小型臭氧發生器用于小區供水或中央空調冷卻水系統的滅菌，同樣適用于反滲透裝置的滅活處理，多余的臭氧同樣可以用活性碳吸收處理。二氧化氯可由氯酸鈉制取，在飲用水處理和工業冷卻水處理中使用的也很多。氯酸鈉有爆炸危險，應謹慎使用。
在反滲透水處理工藝中，除了運轉中的殺菌之外，還有設備停用中的殺菌問題。通常在停機48h以內可用原水沖洗，超過48h可用1.5%亞硫酸氫鈉液保存，達到2周應使用甲醛消毒液殺菌或廠家提供的消毒液滅菌。萬萬不可用市售的84消毒液對膜元件殺菌！
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