運行原理：
多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序(序列，一般從C端-羧基端 向 N端-氨基端)不斷添加、反應、合成，操作最終得到多肽載體。固相合成法，大大的減輕了每步產品提純的難度。為了防止副反應的發生，參加反應的氨基酸的側鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。
多肽合成儀基本元件：
反應器
數百年來，制藥業的反應器/反應釜 設備以玻璃材質最為常見，因其*透明且耐腐蝕，而被眾多化學、生物學專家沿用。多肽合成的過程需要操作人員直觀監測，同時合成后可進行在線切割(切割試劑TFA的強腐蝕性對反應器材質有了極大限制)，這些要求限制反應器以玻璃材質最為適用?！〔ＡР馁|的反應器在制造工藝上有極大的難度限制：①燒制工藝：磨口精度要求高，正如很多國產設備都無法達到要求出現漏液漏氣現象，玻璃壁均勻程度等。②配合攪拌柄以及密封裝置的成套加工工藝③防爆處理
氨基酸儲罐
用來儲存氨基酸粉末或預先活化溶解好的氨基酸溶液。小型合成儀的氨基酸儲罐一般在20-40個之間以保證無人監控下的全自動縮合反應順利進行。大型合成儀根據生產規模的不同，配置也各不相同。
溶劑儲罐
用來儲存多肽合成過程中需要的有機溶液，如DMF,PIP等。
量筒
用來測量氨基酸溶液與其他試劑的合成量，需有精密型傳感器設計刻度并回傳信息至電腦控制程序。因早期的恒壓法測定偏差過大且操作繁瑣，而采用此方法測定。觸發器的數量根據不同客戶的要求而定，不同的品牌也略有不同。
轉液瓶
感應器
多端觸發器自感應定量量取法，直觀、科學、相對誤差低。代替早期的恒壓法，避免了每日進行的大量的數學運算，操作更為簡單，測定誤差值可控制在1%。
廢液桶
廢液桶通常選擇容積較大的HDPE桶，保證通風良好，同時需安裝感應器裝置時刻檢測廢液情況，避免溢出。
控制配件
電磁閥
多肽合成儀中的電磁閥屬于敏感配件，其控制液路的串聯與閉路，在氨基酸轉移與量取，溶劑轉移與量取兩步驟中起到至關重要的作用。不同品牌的合成儀對電磁閥的設計與排布也略有不同。
控制面板
控制面板內往往含有光敏組建，部分控制電磁閥以及感應器控制組。與電腦主機的控制系統、合成儀統一的鏈接在一起，完成多肽合成的全過程。
軟件系統
多肽合成儀的操作軟件。不同品牌合成儀所注冊的軟件也不同。
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