Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法-FFPE樣本蛋白提取新方法

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提高了FFPE樣品的覆蓋深度

      首先，作者用質譜檢測了多種處理組合的人類肝臟樣品，發現相較于傳統(“XPM")的FFPE樣品處理，HYPERsol (“DUS")的結果是多識別11211種(37%)肽類和644種(24%)蛋白質組，接近于新鮮冰凍樣品檢測深度(“FPS")。相較于傳統工作流程，DPS和HYPERsol的平均蛋白質序列覆蓋率均有顯著提高，從20.0%到23.9%（圖2）。

圖2. 相較于傳統的工作流程，HYPERsol提高了FFPE樣本的蛋白覆蓋深度。a 新鮮肝臟樣品被制作成新鮮冰凍樣品或FFPE樣品。b 實驗條件表。c、d 不同條件下的肽類和蛋白質組數量鑒定。e 不同條件下蛋白質序列覆蓋率的密度圖。星號：與FPS相比；n = 3；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01，*** ：p < 0.001。

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提取FFPE蛋白質與新鮮冰凍組織相媲美

      接下來，作者評估了FFPE樣本中提取的蛋白質與冰凍組織中提取的蛋白質的差異程度。蛋白質組數據集的皮爾遜相關系數顯示，HYPERsol(FFPE)數據集與FUS(冰凍)數據集非常相似，平均相關系數達0.936，顯著高于傳統方法與FUS相似性(0.852)。火山圖表明，“HYPERsol與FUS處理"的蛋白質組的相對豐度差異顯著小于“傳統和FUS處理"蛋白質組的相對豐度差異，HYPERsol法處理FFPE樣本更能真實還原原始組織的組成(圖3)。總體而言，利用HYPERsol法從FFPE樣本中提取蛋白質與從冰凍組織中提取蛋白質的水平相媲美！

圖3. HYPERsol產生的蛋白質組學數據與新鮮冰凍組織相似。b、c不同條件下肽類和蛋白質組的數量鑒定。n = 3；星號：與HYPERsol相比；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01，*** ：p < 0.001。d 散點圖描述了每個實驗條件的蛋白質組數據與FUS數據之間的相關性，R值：皮爾遜相關系數。e 相關矩陣描述了所有成對運行比較中的皮爾遜相關系數。f、g 火山圖比較了傳統和FUS條件下、HYPERsol和FUS條件下檢測到的蛋白質的相對豐度差異。

FFPE存檔樣本蛋白質組學鑒定成為可能

      以上，作者證實了HYPERsol法在FFPE樣本的蛋白質提取中占據重要優勢。此外，作者對以往難以診斷的惡性外周神經鞘膜瘤(MPNST)，以及與其難以區分的黑色素瘤和滑膜肉瘤進行分析，發現HYPERsol法特別適合于鑒定新的免疫組織化學(IHC)標記，以促進組織形態學非特異的腫瘤診斷。

圖4. HYPERsol使FFPE存檔組織樣本的蛋白質組學鑒定成為可能。a?c 惡性外周神經鞘膜瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤的H&E染色。d 3種腫瘤類型中識別的蛋白質組數箱圖。e 3種腫瘤類型之間檢測到的蛋白質重疊維恩圖。f 散點圖，描繪標本的儲存期與已確定的蛋白質組數之間的關系。虛線表示具有95%可信區間的最佳擬合線；R值和P值基于皮爾遜與乘積矩相關性。g、h MPNST和黑色素瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤中差異蛋白表達的火山圖。I-k TYR、TLE1和ICAM5在3種腫瘤中的豐度表達。* : p<0.001，** :  p<0.0001。