掃描電子顯微鏡的制造是依據電子與物質的相互作用。當一束高能的入射電子轟擊物質表面時，被激發的區域將產生二次電子、俄歇電子、特征x射線和連續譜X射線、背散射電子、透射電子，以及在可見、紫外、紅外光區域產生的電磁輻射。同時，也可產生電子-空穴對、晶格振動(聲子)、電子振蕩(等離子體)。
影響掃描電鏡的幾個因素
放大倍數
掃描電鏡的放大倍數可表示為M =Ac/As式中，Ac—熒光屏上圖像的邊長；As—電子束在樣品上的掃描振幅。一般地，Ac 是固定的(通常為100 mm)，則可通過改變As 來改變放大倍數。
目前，大多數商品掃描電鏡放大倍數為20～20,000倍，介于光學顯微鏡和透射電鏡之間，即掃描電鏡彌補了光學顯微鏡和透射電鏡放大倍數的空擋
景 深
景深是指焦點前后的一個距離范圍，該范圍內所有物點所成的圖像符合分辨率要求，可以成清晰的圖像；也即，景深是可以被看清的距離范圍。
掃描電子顯微鏡的景深比透射電子顯微鏡大10倍，比光學顯微鏡大幾百倍。由于圖像景深大，所得掃描電子像富有立體感。電子束的景深取決于臨界分辨本領d0和電子束入射半角αc。其中，臨界分辨本領與放大倍數有關，因人眼的分辨本領約為0.2 mm, 放大后，要使人感覺物像清晰，必須使電子束的分辨率高于臨界分辨率d0 ：電子束的入射角可通過改變光闌尺寸和工作距離來調整，用小尺寸的光闌和大的工作距離可獲得小的入射電子角。
襯 度
襯度包括：表面形貌襯度和原子序數襯度。
表面形貌襯度由試樣表面的不平整性引起。
原子序數襯度指掃描電子束入射試祥時產生的背散射電子、吸收電子、X射線，對微區內原子序數的差異相當敏感。原子序數越大，圖像越亮。二次電子受原子序數的影響較小。高分子中各組分之間的平均原子序數差別不大；所以只有—些特殊的高分子多相體系才能利用這種襯度成像。
分辨率
影響掃描電鏡的分辨本領的主要因素有：
A. 入射電子束束斑直徑：為掃描電鏡分辨本領的極限。一般，熱陰極電子槍的最小束斑直徑可縮小到6nm，場發射電子槍可使束斑直徑小于3nm。
B. 入射電子束在樣品中的擴展效應：擴散程度取決于入射束電子能量和樣品原子序數的高低。入射束能量越高，樣品原子序數越小，則電子束作用體積越大，產生信號的區域隨電子束的擴散而增大，從而降低了分辨率。
C. 成像方式及所用的調制信號：當以二次電子為調制信號時，由于其能量低(小于50 eV)，平均自由程短(10~100 nm左右)，只有在表層50～100 nm的深度范圍內的二次電子才能逸出樣品表面， 發生散射次數很有限，基本未向側向擴展，因此，二次電子像分辨率約等于束斑直徑。
當以背散射電子為調制信號時，由于背散射電子能量比較高，穿透能力強，可從樣品中較深的區域逸出(約為有效作用深度的30%左右)。在此深度范圍，入射電子已有了相當寬的側向擴展，所以背散射電子像分辨率要比二次電子像低，一般在500～2000nm左右。
如果以吸收電子、X射線、陰極熒光、束感生電導或電位等作為調制信號的其他操作方式，由于信號來自整個電子束散射區域，所得掃描像的分辨率都比較低，一般在l000 nm或l0000nm以上不等。
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