生物制藥閥門的控制可采用多種執行方式。在生物制藥行業，常用的執行方式為手動與氣動，如手動球閥、氣動隔膜閥等。閥門可在壓力、溫度或其他形式傳感信號的作用下進行簡單的啟關動作，也可以通過驅動或者自動機構實現啟閉件的升降、滑移、旋擺或回轉運動，以調整流道面積來實現閥門的控制功能。工藝系統中所用閥門的尺寸由所需的流量進行確認。
在生物制藥用水系統設計中，閥門發揮著非常重要的作用。
1、生物制藥閥門既可控制流體的方向、壓力和流量，還能使得輸送管道、設備內的液體或氣體進行流動或停止流動并控制該介質的流量大小；
2、閥門可通過改變通路斷面和介質流動方向，發揮其導流、節流、截止、止回、分流或者溢流卸壓等作用；
3、閥門可與設備或者裝置進行組合，從而實現某種特定的功能。比如生物制品行業的無菌取樣，是通過隔膜閥與無菌取樣瓶組合設計來實現的。
為了滿足工程應用流程中不斷變化的需求，越來越多的生物制藥閥門類型得到設計及推廣。在生物技術領域與制藥用水系統中，常常使用不銹鋼閥門，因為這些閥門采用無菌設計理念，表面粗糙度可達到0.4μm，執行機構與介質密封分離，尤其在無菌應用中非常廣泛。
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