三、如何消除污染
機器運行完后，取出PCR產物時不能隨便丟棄，應該用塑料手套或其他打結包好后丟入垃圾桶。
（1） 試劑：mixer盡量分裝，不要原瓶多次取用。
（2） 加樣：原則是DNA最后加，其他試劑按照體積大小從大往小的加。如果是同種引物和探針有多管的話只是DNA不同，那么采取的方法是算出總體積后加在一個管子里面，混合均勻之后再分裝到各個管子里去，這樣可以有效地避免誤差及污染。 另外，普通實驗室容易污染，且污染程度很高，與跑電泳還有質粒制備提取都在同一個房間里有比較大的關系，最容易造成高濃度污染的就是產物的開蓋和質粒的稀釋。 目前，國內外各個公司提供的診斷試劑盒大多采用了UNG來防污染。Uracil-DNA N-glycosylase（UNG）尿嘧啶DNA糖基酶，來源于大腸桿菌重組克隆表達。
四、RNA定量
RNA也最好至少要用電泳，一方面定量，另一方面可以看看完整性。至于用分光光度計比較不同標本之間就更不準了。 RNA的貯藏，最主要的是溫度，-20不夠，最好-80，液氮最保險 mRNA是不能代替蛋白水平的分析的，因為還有翻譯效率和RNA降解速度的影響。
五、RT-PCR有兩種做法
條件具備的話可用kit進行一步法進行；若條件不太好的話可分兩步進行逆轉錄再PCR。但后來發現兩步法的結果更加理想，條帶特異性強且無拖尾現象，我推測是體系更加單一比較利于PCR的進行 一定要做內參的，每一次，我想。不作內參的結果是不可信的 電泳可以不一起跑，沒有關系，計算的是相對表達程度，半定量和定量RT-PCR做的都是基因相對表達量，不是絕對表達量。
六、mRNA的分離與純化
步驟（4）中將RNA溶液置65 ℃中溫育然后冷卻至室溫再上樣的目的有兩個，一個是破壞RNA的二級結構，尤其是mRNA Poly(A+)尾處的二級結構，使Poly(A+)尾充分暴露，從而提高Poly(A+)RNA的回收率；另一個目的是能解離mRNA與rRNA的結合，否則會導致rRNA的污染。所以此步驟不能省略。
七、下面，我們介紹一個可以確認RNA溶液中有沒有殘留的RNA酶的方法：
保溫試驗方法很簡單的，按照樣品濃度，從RNA溶液中吸取兩份1 000 ng的RNA加入至0.5 ml的離心管中,并且用pH7.0的Tris緩沖液補充到10 ul的總體積，然后密閉管蓋。把其中一份放入70 ℃的恒溫水浴中,保溫1 h。另一份放置在-20 ℃冰箱中保存1 h。 時間到了之后，取出兩份樣本進行電泳。電泳完成后，比較兩者的電泳條帶。如果兩者的條帶一致或者無明顯差別（當然，它們的條帶也要符合方法2中的條件）， 則說明RNA溶液中沒有殘留的RNA酶污染，RNA的質量很好。相反的，如果70 ℃保溫的樣本有明顯的降解，則說明RNA溶液中有RNA酶污染。
八、PCR污染與對策
1. PCR擴增產物污染
這是PCR反應中最主要常見的污染問題，所以，擴增區的儀器什么如槍頭等要注意。 還有一種容易忽視，最可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染；在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應管，開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染.據計算一個氣溶膠顆粒可含48000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
1)標本處理區，包括擴增摸板的制備；
2)PCR擴增區，包括反應液的配制和PCR擴增；
3)產物分析區，凝膠電泳分析，產物拍照及重組克隆的制備。
各工作區要有一定的隔離，操作器材專用，要有一定的方向性。如：標本制備→PCR擴增→產物分析→產物處理。 切記：產物分析區的產物及器材不要拿到其他兩個工作區。 使用一次性吸頭，嚴禁與PCR產物分析室的吸頭混用，吸頭不要長時間暴露于空氣中，避免氣溶膠的污染； 操作多份樣品時，制備反應混合液，先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好，然后分裝，這樣即可以減少操作，避免污染，又可以增加反應的精確度。
2. 反應液污染 可采用下列方法之一處理：
1)DNase I法：PCR混合液（未加模板和Taq聚合酶）加入0.5 U DNase I，室溫反應30 min后加熱滅活，然后加入模板和Taq聚合酶進行正常PCR擴增。該方法的優點是不需要知道污染DNA的序列；
2)尿嘧啶糖苷酶（UNG）法 由于UV照射的去污染作用對500 bp以下的片段效果不好，而臨床用于檢測的PCR擴增片段通常為300 bp左右，因此UNG的預防作用日益受到重視和肯定。
a、提取mRNA時所用的EP管、玻璃等器皿全部都要用0.1%DEPC水浸泡。然后烘干，高壓滅菌，再烘干。
b、用DEPC水洗過后當然不能用雙蒸水洗了。那你用DEPC處理還有什么意義呢？還要用雙蒸水洗嗎？
c、玻璃器皿干烤：180度，8小時或更長時間；小器皿也可以用少許氯仿處理一下。另外，鐵制品、研砵等也可倒上酒精直接燒。
RNA提取
一、RNA提取前的準備
1. 研缽的處理
1) 自來水反復沖洗；
2) 去污劑或者洗滌靈沖洗；
3) 自來水反復沖洗；
4) 蒸餾水浸泡1~2d；
5) 超凈工作臺內用無水乙醇沖洗2~3遍，晾干。（在RNA提取前，紫外殺菌10min）
2. 槍頭及EP管的處理
1) 0.1%DEPC水浸泡1~2w；
2) 用鑷子夾起槍頭一一裝入槍頭盒中，用鑷子夾起EP管放入飯盒中；
3) 高壓滅菌50min，45度烘箱烘干。
二、RNA的提取
Trizol法適用于人類、動物、植物、微生物的組織或培養細菌，樣品量從幾十毫克至幾克。用Trizol法提取的總RNA*蛋白和DNA污染。 RNA可直接用于Northern斑點分析，斑點雜交， Poly(A)+分離，體外翻譯，RNase封阻分析和分子克隆。
在收集到生物材料之后，最好能即刻進行RNA制備工作。若需暫時儲存，則應以液氮將生物材料急速冷凍后，儲存于-80 ℃冷凍柜。在制備RNA時，將儲存于冷凍柜的材料取出，立即以加入液氮研磨的方式打破細胞，不可以先行解凍，以避免RNase的作用。
1. 將組織在液N中磨成粉末后，再以50-100 mg組織加入1 ml Trizol液研磨，注意樣品總體積不能超過所用Trizol體積的10%；提取細胞RNA時，先離心沉淀細胞，每5-10×106個細胞加1 ml Trizol后，反復用槍吹打或劇烈振蕩以裂解細胞；
2. 將上述組織或細胞的Trizol裂解液轉入EP管中,在室溫15~30 ℃下放置5分鐘；然后以每1 mlTrizol液加入0.2 ml的比例加入氯仿，蓋緊離心管，用手劇烈搖蕩離心管15秒。 在室溫下（15 ℃～30 ℃）放置2～3分鐘后，12000 g（2 ℃～8 ℃）離心15分鐘；
3. 取上層水相（離心后，混合物將分離為底層為淺紅的、中層為酚-氯仿相、上層為無色的水相。RNA包含在水相中，水相的體積約相當于所加的Trizol試劑量的60%）于一新的離心管，按每1 mlTrizol液加0.5 ml異丙醇的比例加入異丙醇，室溫（15 ℃～30 ℃）放置10分鐘，12000 g（2 ℃～8 ℃）離心10分鐘。
4. 棄去上清液（RNA沉淀為一層如凝膠樣透明的小塊附在管底和管壁），按每1 ml Trizol液加入至少1 ml的比例加入75%乙醇進行洗滌，渦旋混勻，4 ℃下7500 g離心5分鐘。
5. 小心棄去上清液，讓沉淀的RNA在室溫下自然干燥或真空干燥5-10分鐘，注意不要干燥過分，否則會降低RNA的溶解度。
6. 加適量Rnase-free water 溶解RNA沉淀（60 ℃ 10 min）。-70 ℃保存備用。
7. RNA可進行mRNA分離，或貯存于70%乙醇并保存于-70 ℃。
[注意]
1. 整個操作要帶口罩及一次性手套，并盡可能在低溫下操作。另外，提取上清這步一定要小心，靠近沉淀的部分一定要舍得不要，要不然會有蛋白質污染，影響比值。
2. 加氯仿前的勻漿液可在-70 ℃保存一個月以上，RNA沉淀在70%乙醇中可在4 ℃保存一周，-20 ℃保存一年。
在實驗過程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在總RNA提取過程中注意避免mRNA 的斷裂；取2 ug進行RNA檢測，如果存在DNA污染時，要用DNase I進行消化（因為在處理過程中RNA極易降解，建議體系中加入適量RNA酶抑制劑。
