糞腸球菌根據最新分類原則糞鏈球菌又叫糞腸球菌。應用C多糖抗原，根據蘭氏(Lancefield)血清學分類，可將鏈球菌分成許多群。糞鏈球菌屬于D群。D群鏈球菌分腸球菌和非腸球菌兩類。
腸球菌普遍存在于自然界，一般棲居在各種溫血和冷血動物的腔腸，甚至昆蟲體內，也是健康人體的上呼吸道，口腔或腸道的常居菌。在人類糞便中的數量僅次于大腸菌群，每克成人的糞便中約含2×10個。糞腸球菌廣泛分布在畜、禽養殖場所和畜、禽產品生產加工的環境中，存在于人和動物上呼吸道、消化道、生殖道內。
腸球菌是一類革蘭氏陽性、過氧化氫酶陰性的微生物，能利用葡萄糖進行同型發酵，產生L型乳酸，也能從氨基酸降解中獲得能量。它們擁有磷酸烯醇丙酮酸磷酸轉移酶系統(PEP-PTS)，從而能夠吸收利用乳糖和其他的碳水化合物，包括葡糖酸。腸球菌常被用作食品安全的指示菌，它可能與通過食物傳染的疾病有關。在南歐生產的干酪中，人們用腸球菌作為發酵劑。此外，商業上人們也利用它們作為益生菌，以便預防和治療腸道菌群失調疾病。所有腸球菌中，僅有糞腸球菌和屎腸球菌可以作為重要的益生菌。這兩種腸球菌可以借助它們對阿拉伯糖和山梨糖醇的發酵狀況，借助它們在生長溫度等方面的差異區分開來。糞腸球菌是人和動物腸道中的正常菌群，也是一種重要的乳酸菌，具有較好的腸道粘附能力，能產生乳酸及一些抗菌物質，抑制腸道腐-敗菌、致病菌的繁殖及腸道感染，降低腹瀉率，促進營養物質的消化吸收，增強免疫力，提高采食量及飼料轉化率，促進動物健康，是畜牧生產及食品工業首-選使用的益生菌菌種之一。
細菌分類學上，腸球菌屬早期并不存在，現今的一些菌種本歸屬于鏈球菌屬,1989年，依據Facklam和Collins的分類，腸球菌屬內包括十二個種及一個變異株，它們是:
糞腸球菌(E. faecalis)屎腸球菌(E. faecium)
芒地腸球菌(E.mundii) 惡臭腸球菌(E.maladoratum)
棉子糖腸球菌(E.raffinosus) 假鳥腸球菌(E.pseudoavium)
糞腸球變異株(E.faecalis var)。
鳥腸球菌(E.avium) 酪黃腸球菌(E.casseliflavus)
希拉腸球菌(E.hirae) 孤立腸球菌(E.solitarius)
堅忍腸球菌(E.durans) 雞腸球菌(E.galinarum)
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