一、苯酚-氯仿抽提法
苯酚和氯仿是常見的有機溶劑，一般可以用來將蛋白雜質從DNA樣本里去除。基本原理是，有機溶劑會使雜質蛋白變性，并將雜質蛋白留在有機溶劑層，而DNA分子是有水溶性的，所以會進入水溶液層。這樣DNA和雜質蛋白就被分開了。這個方法的好處是便宜有效，特別是在提取基因組DNA時，要去掉許多從細胞裂解液中帶來的蛋白，苯酚法十分好用但苯酚和氯仿是有毒溶劑，而且有可能會殘留在提純過后的DNA樣本中，對后續反應造成影響。
二、乙醇沉降法
乙醇沉降法其實就是一種鹽析方法。鹽陽離子（一般是Na+、醋酸鈉鹽）和70%的乙醇加入到DNA樣本中后，陽離子與帶負電的DNA骨架相互作用，從水分子那里將DNA搶奪出來，而乙醇改變了DNA的結構，使得DNA聚合最終沉降。
三、磁珠吸附法
原理是在攜帶正電的磁珠和DNA分子特定結合后，磁珠被固定在磁極上，DNA樣本中的其他雜質在此時被移除，而后使用高pH的洗出液使得磁珠帶負電，因此DNA分子又會脫離磁珠，被洗出。
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