PCR反應的特點是具有較大擴增能力與靈敏性，但令人頭痛的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產生。那么你知道PCR反應污染的處理方法有哪些嗎？讓我們一起來看看吧！
一、環境污染
1. 稀酸處理法：對可疑器具用1mol/L鹽酸擦拭或浸泡，使殘余DNA脫嘌呤。
2. 紫外照射（UV）法：紫外波長（nm）一般選擇254/300nm,照射30min即可。需要注意的是，選擇UV作為消除殘留PCR產物污染時，要考慮PCR產物的長度與產物序列中堿基的分布，UV照射僅對500bp以上長片段有效，對短片段效果不大。UV照射時，PCR產物中嘧啶堿基會形成二聚體，這些二聚體可使延伸終止，但并不是DNA鏈中所有嘧啶均能形成二聚體，且UV照射還可使二聚體斷裂。形成二聚體的程度取決于UV波長，嘧啶二聚體的類型及與二聚體位點相鄰核苷酸的序列。
二、反應液污染
1. DNaseI法：PCR混合液（未加模板和Taq聚合酶）加入0.5UDNaseI,室溫反應30min后加熱滅活，然后加入模板和Taq聚合酶進行正常PCR擴增。該方法的優點是不需要知道污染DNA的序列。
2. 內切酶法：選擇識別4個堿基的內切酶（如MspI和TaqI等），可同時選擇幾種，以克服用一種酶只能識別特定序列的缺陷，室溫作用1h后加熱滅活進行PCR。
3. 紫外照射法：未加模板和Taq聚合酶的PCR混合液進行紫外照射，注意事項與方法同上述UV照射法。
4. g射線輻射法：1.5kGy的輻射可wan全破壞0.1ng基因組DNA,2.0kGy可破壞104拷貝的質粒分子，4.0kGy仍不影響PCR,但高于此限度會使PCR擴增效率下降。引物可受照射而不影響PCR,g射線是通過水的離子化產生自由基來破壞DNA的。
三、固相捕獲法
用于去除標本中污染的核酸和雜質，原理如下：
1. 用生物素標記的單鏈RNA探針與待擴核酸雜交，雜交區域是非擴增區。
2. 用包被鏈霉親和素的固相載體來捕獲帶有生物素探針的雜交核酸，通過漂洗可去除污染的擴增產物和雜質。
3. 洗脫靶分子后用特異引物擴增非RNA探針雜交區域。第2步的漂洗后可用PCR檢測以確定標本是否被擴增產物或重組質粒污染。
四、抗污染引物法
該對引物擴增時通過病毒DNA克隆如入質粒的位點。這一區域只存在完整的原病毒中，在重組質粒中，這一區域分成兩個區域與克隆位點被。如果重組質粒污染了標本，也不能擴增出任何條帶，即使出現了擴增帶，其大小也與預期的不同。只有原病毒DNA才能被引物擴增，因此只要出現預期大小的擴增帶就可以證明標本是陽性的，該法試用于環狀靶分子系列。
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