WB實驗是分子生物學中最為常見的實驗，那么你知道影響WB實驗的因素有什么嗎？讓我們一起來看看吧！
一、蛋白樣本制備
1. 蛋白質的樣品制備注意以下問題：
（1）在合適的條件下，保持蛋白質的最大溶解性和可重復性。
（2）選擇合適的表面活性劑和還原劑，使其形成各自多肽的溶液。
（3）盡量去除核酸，多糖，脂類等分子的干擾，裂解完畢離心之后取中層澄清溶液時避免吸到底層沉淀和上層脂類。
（4）整個制作蛋白樣本的制備過程必須在低溫下進行，避免細胞破碎釋放出各種酶類，但是注意不要反復凍融。
（5）所抽取樣品的蛋白含量，蛋白變性是否充分等等，還有，蛋白樣品的pH值是否在7~8之間。這會直接影響到樣品濃縮的效果。此外，蛋白樣品是否降解、目的蛋白是否已抽取充分都會對最終結果的可靠性有影響。
2. 小分子量蛋白10KD需要的注意點
（1）可選擇孔徑0.22μm的PVDF膜或者NC膜，轉膜時間縮短，另外可采用Tricine-SDS-PAGE體系；
（2）也可以選擇PSQ膜，同時縮短轉移時間。也可以將兩張膜疊在一起，再轉移，其他按步驟即可。
3. 大分子量蛋白200KD需要的注意點：
（1）做200kd蛋白的WB時要注意，分離膠最好選擇>7%的；剝膠時要小心；
（2）轉移時間需要相應延長；要做分子量參照（否則出現雜帶不知道如何分析）；
（3）轉膜液中甲醇含量可適當降低，推薦使用濕裝轉膜效率更高。
二、凝膠的配制
制膠關鍵是聚合時間，分離膠聚合控制在從加入10%AP和TEMED至開始凝膠，時間為10—20分鐘(未wan全凝聚)，濃縮膠最佳聚合時間為8-10min，可通過控制AP和TEMED量來控制。
1. 凝膠質量
不連續SDS-PAGE膠對凝膠的要求較高，分離膠的pH值應在8.8左右，而濃縮膠的pH應在6.8左右，最好不要差過0.5個pH單位，因為這個pH條件是保證電泳液中的甘氨酸不電離的必要條件，也是保證能充分壓縮樣品的前提。
因此，制備凝膠的時候所用Tris-HCl緩沖液的pH值是否穩定是很重要的。
2. 在用ddH2O壓分離膠的時候為什么經常存在中間凸的現象？
（1）加水時不能對著膠沖，要沿著玻璃板緩慢流行；
（2）加水滿后一定要保證上方水平面是平齊的；
（3）加膠要避免氣泡，也要避免加膠太慢而提前凝固等現象；
三、電泳
1. 應待凝膠充分凝固后電泳，或者催化劑加入后充分混勻，否則條帶容易中間凹陷兩邊翹起。
2. 兩板玻璃之間排除所有的氣泡，防止條帶中間鼓兩邊下陷。
3. 加樣前離心，選擇適當的樣本緩沖液（盡量用新鮮配制的，這樣能保證pH值和離子強度的穩定），加適量的樣品促溶劑，防止wb條帶拖尾或蛋白出現紋理。
4. 常用濃縮時80V，分離時100V比較好，條帶很平。
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