在進行WB(Western Blot)實驗時,選擇合適的內參確實至關重要。內參的主要作用是像一把“尺子",用來衡量和校正每個樣本的上樣量,以及在上樣過程中可能產生的實驗誤差。這樣,我們就可以更加確信實驗結果的準確性,因為它們已經經過了內參的校正。
一、選擇內參需要遵循的原則?
1. 樣本種屬來源
匹配性原則:內參蛋白的選擇應基于實驗樣本的物種來源。對于哺乳動物細胞和組織樣本,常用的內參包括β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B等。這些蛋白在哺乳動物細胞中表達穩定,適合作為內參。
跨物種反應性:當研究涉及多個物種時,應選擇具有廣泛物種反應性的內參,或根據具體物種選擇特異性內參。
2. 目的蛋白分子量
分子量差異:為了避免信號干擾和圖像解析的復雜性,內參蛋白的分子量應與目的蛋白保持顯著差異。一般建議內參蛋白與目的蛋白的分子量相差5kDa以上。
3. 目的蛋白表達部位
亞細胞定位:根據目的蛋白在細胞內的定位選擇相應的亞細胞器內參。例如,核蛋白檢測可選擇Lamin A、Lamin B、Histone H3等核內參;膜蛋白檢測可選擇ATP1A1等膜內參;線粒體蛋白檢測可選擇VDAC1和COX IV等線粒體內參。
表達一致性:確保內參蛋白與目的蛋白在細胞內的表達部位一致,以提高實驗結果的內部一致性。
4. 實驗條件影響
穩定性評估:在選擇內參時,需要充分了解實驗條件對內參蛋白表達的影響。某些實驗條件(如缺氧、糖尿病、藥物處理等)可能會導致特定內參蛋白的表達水平發生變化。
適應性選擇:選擇那些在實驗條件下表達穩定、受影響較小的內參蛋白。例如,在缺氧條件下,GAPDH的表達可能會增高,因此不適合作為內參;而在凋亡實驗中,Lamin等也可能不適合作為內參。
5.文獻參考和實驗驗證
文獻查閱:查閱相關文獻了解不同內參蛋白在不同實驗條件下的表現,以獲取有價值的參考信息。
二、選擇內參的注意事項
選擇內參的注意事項主要包括考慮目的蛋白分子量、種屬特異性、蛋白表達位置、試驗處理條件對內參表達的影響,以及確保內參蛋白的穩定性。?
?1. 目的蛋白分子量?:
選擇內參抗體時,應考慮目的蛋白分子量的大小,通常應保證目的蛋白與內參蛋白分子量相差5KDa以上。例如,如果目的蛋白分子量為45KDa,則不宜選擇分子量為42KDa的β-actin作為內參,而可以考慮選擇分子量為36KDa的GAPDH作為內參?。
?種屬特異性?:不同種屬的樣本內參蛋白不同。例如,哺乳動物的組織或細胞樣本通常選擇β-actin、β-tubulin、GAPDH等,而植物來源的實驗樣本則可能選擇Plant actin、Rubisco等?。
?2. 蛋白表達位置?:
內參的選擇還需考慮蛋白的表達部位。不同的表達部位可能需要不同的內參蛋白。例如,細胞骨架相關的研究不宜選擇β-actin作為內參,因為β-actin是細胞的一種重要骨架蛋白,其表達量非常豐富,但在某些特殊情況下,如脂肪組織中,β-actin的表達量很少,此時β-actin就不再適用?。
?3. 試驗處理條件?:
試驗處理條件對內參表達的影響也是一個重要的考慮因素。例如,GAPDH是糖酵解過程中的酶,關于糖代謝的研究(如糖尿病模型)中不宜選擇GAPDH作為內參,因為某些細胞中缺氧也會影響GAPDH的表達。此外,腫瘤組織中的GAPDH相對于正常組織是高表達的,有文獻報道GAPDH可以作為腫瘤標志物,因此在比較腫瘤組織與正常組織時,也不宜選擇GAPDH作為內參?。
?4. 內參蛋白的穩定性?:
內參蛋白的穩定性是選擇內參的關鍵因素之一。內參蛋白應能在不同的實驗條件下保持相對穩定的表達水平,以確保實驗結果的準確性。內參蛋白的穩定性可以通過實驗前的樣品前處理來保證,但在某些特殊條件下,內參蛋白的表達也可能發生變化?。
三、常用內參
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