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分離方法
毛細管分離法
對于較大的微生物，可采用毛細管提取單個個體，并在大量的滅菌培養基中轉移清洗幾次，除去較小微生物的污染。這項操作可在低倍顯微鏡，如解剖顯微鏡下進行。
顯微操作法
對于個體相對較小的微生物，需采用顯微操作儀，在顯微鏡下進行。市場上有售的顯微操作儀種類很多，一般是通過機械、空氣或油壓傳動裝置來減小手的動作幅度，在顯微鏡下用毛細管或顯微針、鉤、環等挑取單個微生物細胞或孢子以獲得純培養。
小滴分離法
在沒有顯微操作儀時，也可采用一些變通的方法在顯微鏡下進行單細胞分離，例如，將經適當稀釋后的樣品制備成小液滴在顯微鏡下觀察，選取只含一個細胞的液滴進行培養以獲得純培養。單細胞分離法對操作技術有比較高的要求，多限于高度專業化的科學研究中采用。
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