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自從20世紀50年代，人們發現將青霉素發酵殘渣加入飼料中喂養動物能大幅度提高畜禽的生長速度以來，抗生素對動物生長促進作用及其帶來的經濟效應得到充分驗證，因此，抗生素被廣泛的用作畜禽添加劑。同時，抗生素可以口服或注射的方式被大量的用于動物疾病的治療，為飼料及其發展起到積極的促進作用。但其在食品中，特別是肉及其制品中的殘留與危害也日漸顯露。
1、抗原性引起人體的過敏和變態反應
經常食用一些有低劑量的抗菌藥物殘留的食品能使易感人體出現過敏反應。例如，青霉素、四環素、磺胺類藥物及某些氨基糖苷類抗生素等具有抗原性，能刺激機體產生抗體，造成過敏反應，輕者表現為尋麻疹、發熱、關節腫痛等，嚴重時出現過敏性休克，甚至危害生命。
2、“三致”作用
人體長期低劑量地攝入某些抗生素，還可以產生致癌、致畸、致突變作用、例如，苯并咪唑類藥物能干擾細胞的有絲分裂，具有明顯的致畸作用和潛在的致癌與突變效應；磺胺類藥物有致腫瘤傾向；哇諾酮類藥物大部分具有光敏作用，個別品種出現在真核細胞內已顯示了致突變作用。
3、增加細菌的耐藥性
長期使用含抗生素的動物性食品，容易誘導耐藥菌株的出現，使抗維生素失去治療的疾病的價值，給人類疾病的治療帶來困難甚至可能出現一些藥物無法控制的細菌感染。研究表明，長期低劑量的抗生素能導致金黃色葡萄球菌耐藥菌株的感染。也可能引起大腸菌耐藥菌株的出現。
4、導致人體腸道內正常菌群失調和紊亂
在正常情況下，人體腸道內的微生物菌群之間維護者共生平衡，對人體健康產生有益作用。但是，如果長期食用抗生素殘留超標的動物性食品，就有可能抑制或滅殺某些敏感菌，而耐藥菌或條件性致病菌大量繁殖，導致微生物平衡破壞，從而使人與動物易發感染性疾病，并影響某些有益菌群合成人體所需的B族維生素和維生素K。因此，長期攝食抗維生素殘留超標食品，可以導致人體有益菌群平衡失調，造成長期腹瀉或某些維生素缺乏。
5、毒性作用
人長期食用含抗生素殘留的動物性食品后，藥物不斷在體內蓄積，對人體產生毒性作用。例如，氯霉素可能導致的再生障礙性貧血；鏈霉素、慶大霉素和卡那霉素等氨基糖肝苷內抗生素，可以損害前庭和耳蝸神經，導致眩暈和聽力減退；四環素類藥物能夠與骨骼中的鈣結合，抑制骨骼和牙齒的發育；磺胺類抗生素引起腎臟器官損害，特別是乙酰磺胺在酸性尿中的溶解度很低，可在腎小管、腎盂、輸尿管等分析出結晶，損害腎臟。
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