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BLUP AB群育種(GCA)是個(gè)什么東東?

來源:北京中農(nóng)博思科技發(fā)展有限公司   2019年10月09日 14:02  

博思公司的農(nóng)博士育種家軟件(NBSbreeding)一直在開發(fā)完善更實(shí)用更有價(jià)值的軟件功能,服務(wù)眾多軟件用戶。繼自主成功開發(fā)BLUP育種值(breeding value)線性混合模型分析方法后,前段時(shí)間又進(jìn)一步推出了REML方差組分估計(jì)功能,剛剛過去的70周年國慶,博思公司技術(shù)人員一直在工作崗位加班加點(diǎn),不負(fù)眾望,( BLUP  AB群育種)(GCA)功能開發(fā)成功。

 

農(nóng)博士育種家軟件(NBSbreeding)不斷完善自身功能,我們寫文章建議植物育種領(lǐng)域要重視育種值應(yīng)用,用育種值提升一般配合力分析水平,是考慮,植物育種在數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域需要向動(dòng)物育種借鑒成熟的數(shù)學(xué)分析方法。作為一款專業(yè)的植物育種軟件,我們也會(huì)把BLUP跟一般配合力(GCA)結(jié)合的線性混合模型分析技術(shù)開發(fā)出來給軟件用戶使用。我們會(huì)推薦建議,但我們一定提供給用戶多樣選擇。我們就是為育種用戶服務(wù)的。

 

配合力的計(jì)算如果按照配合力公式,真是小學(xué)生都可以完成的計(jì)算,過于簡(jiǎn)單了。所以一直猜測(cè),種業(yè)大公司不會(huì)這樣簡(jiǎn)單的使用配合力,這不,一種復(fù)雜的BLUP 配合力分析模型就來了。

 

本功能開發(fā),參考了美國明尼蘇達(dá)大學(xué) RexBernardo教授1996年前后發(fā)表的BLUP線性混合模型玉米育種應(yīng)用系列文章,也參考了王健康老師的《應(yīng)用數(shù)量遺傳》第二版教材,在此一并致謝。BLUP AB群育種,這個(gè)功能命名,主要是明確該BLUP分析功能,是服務(wù)于AB群(SS-NSS)育種模式使用的,比如采用SS-NSS思路模式進(jìn)行的玉米育種,同時(shí)該功能*可以應(yīng)用于類似模式育種的其他作物領(lǐng)域,并不于玉米育種。

 

功能使用操作簡(jiǎn)單,選擇試驗(yàn)數(shù)據(jù),對(duì)試驗(yàn)材料相關(guān)親本AB群,就可以進(jìn)行BLUP線性混合模型分析了。

 

Rex Bernardo教授采用的模型:

y = XβZ0c+ Z1g1 Z2g2 Zd + e

王健康老師采用的模型

y = XβUg1Wg2 Zs + e

農(nóng)博士育種家軟件(NBSbreeding)采用的模型

y =μXβUa Wb Zs + e

μ:試驗(yàn)數(shù)據(jù)均值

β:年度+地點(diǎn)的合并固定效應(yīng)

aA群一般配合力向量

bB群一般配合力向量

s:測(cè)配組合A×B特殊配合力向量

e:剩余誤差向量

X、U、W、Z為相應(yīng)關(guān)聯(lián)矩陣。

 

我們根據(jù)植物育種特點(diǎn),結(jié)合植物育種數(shù)據(jù)特點(diǎn),改造擴(kuò)展了數(shù)學(xué)模型,更適合AB群模式育種使用。

 

BLUP AB群育種使用建議:

在測(cè)配組合結(jié)果分析時(shí)使用,或者配合力試驗(yàn)直接用該功能分析。

給育種者帶來的幫助有:

1、計(jì)算出試驗(yàn)中親本材料的一般配合力效應(yīng)值。據(jù)此可以清楚看出親本的育種價(jià)值。

2、計(jì)算出測(cè)配組合的特殊配合力效應(yīng)值。對(duì)篩選組合有指導(dǎo)價(jià)值。

3、利用已測(cè)試組合來推斷未測(cè)試組合的各種效應(yīng)值,有希望發(fā)現(xiàn)更好的未測(cè)配材料組合,對(duì)減少育種成本,降低測(cè)配工作任務(wù)量有積極意義。

 

 

NBSbreeding育種家軟件中BLUP線性混合模型有3種應(yīng)用可供用戶選用:

分別是,

BLUP育種值

REML方差組分估計(jì)

BLUP AB群育種

 

BLUP育種值是基于育種值(breeding value)的BLUP線性混合模型分析方法,而BLUP AB群育種是基于一般配合力(GCA)。關(guān)于這兩種分析方法的區(qū)別和聯(lián)系,請(qǐng)參照博思公司發(fā)布的相關(guān)技術(shù)資料。

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