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GC-MS總體上由五大部分組成：色譜儀（常壓）、接口部分、質譜分析器（高真空）和計算機數據處理系統。以下將為大家介紹其主要部分組成：
1、氣相色譜部分
組成部分及作用：
（1）載氣系統：包括氣源、氣體凈化、氣體流速控制和測量。為獲得純凈、流速穩定的載氣。
（2）進樣系統：包括進樣器和氣化室。進樣器分氣體進樣器和液體進樣器，氣化室是將液體樣品瞬間氣化的裝置。
（3）分離系統：包括色譜柱和柱溫箱和控溫裝置。根據各組分在流動相和固定相中分配系數或吸附系數的差異，使各組分在色譜柱中得到分離。
（4）溫控系統：控制氣化室、柱箱和檢測器的溫度。
（5）檢測和記錄系統：包括檢測器、放大器、記錄儀、或數據處理裝置、工作站 （色譜圖）。將各組分的濃度或質量轉變成電信號并記錄。
2、接口部分
是協調聯用儀器輸出和輸入狀態的硬件設備。一般分為直接接口（小口徑毛細管柱）和開口分流接口（大口徑毛細管柱），用于除去GC部分的載氣并傳輸組分。在GC-MS聯用中有兩個作用：
（1）壓力匹配——質譜離子源的真空度在10-3Pa，而GC色譜柱出口壓力高達105Pa，接口的作用就是要使兩者壓力匹配。
（2）組分濃縮——從GC色譜柱流出的氣體中有大量載氣，接口的作用是排除載氣，使被測物濃縮后進入離子源。
3、MS質譜部分
（1）進樣系統：GC出來的樣品直接進入MS分析儀。
（2）離子源：離子源的作用是接受樣品產生離子。常用的離子化方式有：電子轟擊EI;化學電離CI.
（3）質量分析器：其作用是將電離室中生成的離子按質荷比（m/z）大小分開，進行質譜檢測。常見質量分析器有：四極質量分析器; 扇形質量分析器; 雙聚焦質量分析器; 離子阱檢測器。
（4）檢測器：檢測器的作用是將離子束轉變成電信號，并將信號放大，常用檢測器是電子倍增器。
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