說起 Pubmed 我們大家都不陌生,當(dāng)然,找文獻(xiàn)可都靠它呢。不過,這個美國國立醫(yī)學(xué)圖書館的搜索引擎可不止能干這個。它只是NCBI Entrez整個數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)中的一個。PubMed 界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接,其他的內(nèi)容還包括:DNA 與蛋白質(zhì)序列,基因圖數(shù)據(jù),3D 蛋白構(gòu)象,人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的 NCBI 來查找所需要的基因信息。
如何尋找基因信息
首先,打開 NCBI 網(wǎng)頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,選擇[gene],輸入您要的基因名稱(可簡寫),如 CCR9,搜索。
然后,選擇種屬,如 homosapiens,點(diǎn)擊進(jìn)入所需基因,下拉網(wǎng)頁,在"NCBI Reference sequence (Refseq)"下方
NG_029472.1就是該基因的 genomic DNA 序列號,NM_001256369.1 就是異構(gòu)體B的 mRNA 序列號,而 NP_001243298.1 就是NM_001256369.1相應(yīng)的氨基酸序列號。同理, NM_031200.2 → NP_112477.1 分別是異構(gòu)體A的mRNA和氨基酸序列號。Genomic context 中 Location= 3p21.3 是指此基因位于 3 號染色體短臂(p)2 帶 1 區(qū) 3 亞區(qū)。
點(diǎn)擊進(jìn)入相應(yīng)頁面就會出現(xiàn)詳細(xì)的外顯子、編碼序列等信息。
想要知道詳細(xì)信息的話,可以點(diǎn)擊 GenBank
如果你只想獲得序列(例如去設(shè)計(jì) PCR 引物的時候),那就可以選擇 FASTA,這樣就得到了 FASTA 格式的序列文件,沒有其他數(shù)字和格式的干擾。
如何選擇目前*的 mRNA 序號
在這推薦一個網(wǎng)站:harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/mutation/
輸入您查找的基因,如 CCR9,"Go"提交,便會出現(xiàn) CCR9 的相應(yīng)界面,點(diǎn)進(jìn)去就能顯示公 認(rèn)的序列號和 DNA 序列。
這樣參照的序列號對了,設(shè)計(jì)引物、基因突變的命名及表述才是對的,發(fā)文章時才不會錯。 (基因突變命名也是一個系統(tǒng),可以到 NCBI 上下載相關(guān)文獻(xiàn))。另外,這一網(wǎng)站 DNA 序列 中也提供了目前文獻(xiàn)報(bào)道的已知的突變位點(diǎn)和 SNP 位點(diǎn)。非常好用。
相關(guān)產(chǎn)品
免責(zé)聲明
- 凡本網(wǎng)注明“來源:化工儀器網(wǎng)”的所有作品,均為浙江興旺寶明通網(wǎng)絡(luò)有限公司-化工儀器網(wǎng)合法擁有版權(quán)或有權(quán)使用的作品,未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、摘編或利用其它方式使用上述作品。已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)使用作品的,應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用,并注明“來源:化工儀器網(wǎng)”。違反上述聲明者,本網(wǎng)將追究其相關(guān)法律責(zé)任。
- 本網(wǎng)轉(zhuǎn)載并注明自其他來源(非化工儀器網(wǎng))的作品,目的在于傳遞更多信息,并不代表本網(wǎng)贊同其觀點(diǎn)和對其真實(shí)性負(fù)責(zé),不承擔(dān)此類作品侵權(quán)行為的直接責(zé)任及連帶責(zé)任。其他媒體、網(wǎng)站或個人從本網(wǎng)轉(zhuǎn)載時,必須保留本網(wǎng)注明的作品第一來源,并自負(fù)版權(quán)等法律責(zé)任。
- 如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題,請?jiān)谧髌钒l(fā)表之日起一周內(nèi)與本網(wǎng)聯(lián)系,否則視為放棄相關(guān)權(quán)利。