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實時熒光定量PCR是一種在DNA擴增反應中，以熒光化學物質測每次聚合酶鏈式反應（PCR）循環后產物總量的方法。通過內參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析的方法。熒光定量PCR檢測技術誕生以來，越來越受到實驗室老師的青睞。
熒光定量PCR原理：熒光定量PCR早稱TaqManPCR，后來也叫Real-TimePCR，是美國PE（PerkinElmer）公司1995年研制出來的一種新的核酸定量技術。該技術是在常規PCR基礎上加入熒光標記探針或相應的熒光染料來實現其定量功能的。其原理：隨著PCR反應的進行，PCR反應產物不斷累計，熒光信號強度也等比例增加。每經過一個循環，收集一個熒光強度信號，這樣我們就可以通過熒光強度變化監測產物量的變化，從而得到一條熒光擴增曲線圖。
一般而言，熒光擴增曲線可以分成三個階段：熒光背景信號階段，熒光信號指數擴增階段和平臺期。在熒光背景信號階段，擴增的熒光信號被熒光背景信號所掩蓋，無法判斷產物量的變化。而在平臺期，擴增產物已不再呈指數級的增加，PCR的終產物量與起始模板量之間沒有線性關系，根據終的PCR產物量也不能計算出起始DNA拷貝數。只有在熒光信號指數擴增階段，PCR產物量的對數值與起始模板量之間存在線性關系，我們可以選擇在這個階段進行定量分析。為了定量和比較的方便，在實時熒光定量PCR技術中引入了兩個非常重要的概念：熒光閾值和CT值。
熒光域值（threshold）：是在熒光擴增曲線上人為設定的一個值，它可以設定在熒光信號指數擴增階段任意位置上，但一般熒光域值的缺省設置是PCR反應前3-15個循環熒光信號標準偏差的10倍，即：threshold=10XSDcycle6-15。熒光域值設定在PCR擴增的指數期。
Ct值：是指每個反應管內的熒光信號到達設定域值時所經歷的循環數。
Ct值與起始模板的關系：研究表明，每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在線性關系，起始拷貝數越多，Ct值越小。PCR循環在到達Ct值所在的循環數時，剛剛進入真正的指數擴增期（對數期），此時微小誤差尚未放大，Ct值的重現性較好，即相同含量的初始模板，得到的Ct值是相對穩定的。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，其中橫坐標代表起始拷貝數的對數，縱坐標代表Ct值如下圖所示。
因此，只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數。
其中：Ct值不是恒定不變的，可以受到不同樣品、不同儀器的影響，即使相同的樣品在相同的儀器上重復2遍，Ct值也會存在差異。
熒光定量檢測：熒光定量檢測根據所使用的標記物不同可分為熒光探針和熒光染料。熒光探針又包括Beacon技術（分子信標技術，以美國人Tagyi為代表）、TaqMan探針（以美國ABI公司為代表）和FRET技術（以羅氏公司為代表）等；熒光染料包括飽和熒光染料和非飽和熒光染料，非飽和熒光染料的典型代表就是現在常用的SYBRGreenⅠ；飽和熒光染料有EvaGreen、LCGreen等。
SYBRGreenI是熒光定量PCR常用的DNA結合染料，與雙鏈DNA非特異性結合。在游離狀態下，SYBRGreenI發出微弱的熒光，但一旦與雙鏈DNA結合，其熒光增加1000倍。所以，一個反應發出的全部熒光信號與出現的雙鏈DNA量呈比列，且會隨擴增產物的增加而增加。
雙鏈DNA結合染料的優點：實驗設計簡單，僅需要2個引物，不需要設計探針，無需設計多個探針即可以快速檢驗多個基因，且能夠進行熔點曲線分析，檢驗擴增反應的特異性，低的初始成本，通用性好，因此國內外在科研中使用比較普遍。
熒光探針法（Taqman技術）：PCR擴增時，加入一對引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。該探針為一直線型的寡核苷酸，兩端分別標記一個熒光報告基團和一個熒光淬滅基團，探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收，PCR儀檢測不到熒光信號；PCR擴增時（在延伸階段），Taq酶的5'－3'切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成*同步，這也是定量的基礎所在。
熒光定量PCR的應用：
分子生物學研究:
1.核酸定量分析。對傳染性疾病進行定量定性分析，病原微生物或病毒含量的檢測,比如近期流行的甲型H1N1流感，轉基因動植物基因拷貝數的檢測，RNAi基因失活率的檢測等。
2.基因表達差異分析。比較經過不同處理樣本之間特定基因的表達差異(如藥物處理、物理處理、化學處理等)，特定基因在不同時相的表達差異以及cDNA芯片或差顯結果的確證
3.SNP檢測。檢測單核苷酸多態性對于研究個體對不同疾病的易感性或者個體對特定藥物的不同反應有著重要的意義，因分子信標結構的巧妙性，一旦SNP的序列信息是已知的，采用這種技術進行高通量的SNP檢測將會變得簡單而準確。
4.甲基化檢測。甲基化同人類的許多疾病有關，特別是癌癥，Laird報道了一種稱作Methylight的技術，在擴增之前先處理DNA，使得未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不受影響，用特異性的引物和Taqman探針來區分甲基化和非甲基化的DNA，這種方法不僅方便而且靈敏度更高。
醫學研究：
1.產前診斷：人們對遺傳性物質改變引起的遺傳性疾病還無法治療，到目前為止，還只能只能通過產前監測，減少病嬰出生，以防止各類遺傳性疾病的發生，如為減少X連鎖遺傳病患兒的出生，從孕婦的外周血中分離胎兒DNA，用實時熒光定量PCR檢測其Y性別決定區基因是一種無創傷性的方法，易為孕婦所接受。
2.病原體檢測：采用熒光定量PCR檢測技術可以對淋球菌、沙眼衣原體、解脲支原體、人類乳頭瘤病毒、單純皰疹病毒、人類免疫缺陷病毒、肝炎病毒、流感病毒、結核分枝桿菌、EB病毒和巨細胞病毒等病原體進行定量測定。與傳統的檢測方法相比具有靈敏度高、取樣少、快速簡便等優點。
3.藥物療效考核：對乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)定量分析顯示：病毒量與某些藥物的療效關系。HCV高水平表達，干擾素治療作用不敏感，而HCV低滴度，干擾素作用敏感；在拉米夫定治療過程中，HBV-DNA的血清含量曾有下降，隨后若再度上升或超出以前水平，則提示病毒發生變異。
4.腫瘤基因檢測：盡管腫瘤發病的機理尚未清楚，但相關基因發生突變是致癌性轉變的根本原因已被廣泛接受。癌基因的表達增加和突變，在許多腫瘤早期就可以出現。實時熒光定量PCR不但能有效地檢測到基因的突變，而且可以準確檢測癌基因的表達量。目前用此方法進行過端粒酶hTERT基因、慢性粒細胞性白血病WT1基因、腫瘤ER基因、前列腺癌PSM基因、腫瘤相關的病毒基因等多種基因的表達檢測。
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