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紅外光譜儀不能正常工作時，可先啟動儀器自診斷功能，檢查儀器某些器件工作狀況，或者根據儀器的異常現象，參照儀器使用說明書進行排查。
若發現是光譜儀硬件損壞，應請專業維修工程師來現場處理，若無法查出故障原因，也應及早與維修工程師溝通，及時傳遞儀器的故障信息。以便工程師來現場維修之前能大概判定故障原因并準備好所需的備品備件。如果故障原因不是硬件問題，可通過調整、重新設置光譜儀參數等技術操作解決的，可自行處理。
下面為一些常見紅外光譜儀故障及排査方法。
紅外光譜儀干涉圖能量低，導致信噪比不理想。
可能原因：
1.光路準直未調節好或非智能紅外附件位置未調整到正確位置;2.紅外光源已損壞或能量已衰竭;3.檢測器已損壞或MCT檢測器無液氮;4.分束器損壞;5.各種紅外反射鏡或紅外附件的鏡面太臟;6.光闌孔徑太小或信號增益倍數太小;7.圓光路中有衰減器。
紅外光譜儀排除方法：
1.啟動光路自動準直程序，如果正在使用非智能紅外附件，則還需要人工準直;2.更換紅外光源;3.請維修工程師檢查，必要時更換檢測器(檢測器損壞很有可能是由于受潮引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，對于MCT檢測器可添加液氮再重新檢查;4.請維修工程師檢查，必要時更換分束器(分束器損壞很可能是由于受潮引起或更換時碰撞產生裂痕引起，因此更換后應注意保持儀器室的干燥，從儀器上取出或裝入時一定要非常小心);5.請維修工程師清洗;6.重新設置光闌孔徑或信號增益倍數，使之處于適當值;7.取下光路中的衰減器。
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