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微生物是指那些肉眼看不到而需要借助顯微鏡觀察的微小生物，主要包括原核微生物(如細(xì)菌)、真核微生物(如真菌、藻類和原蟲)和無細(xì)胞生物(如病毒)三大類。
微生物按結(jié)構(gòu)、組成可分為三大類,即原核細(xì)菌型微生物(細(xì)菌、支原體、立克次體、衣原體、螺旋體、放線菌)、真核細(xì)菌型微生物(真菌)和非細(xì)菌型微生物(病毒)。
微生物分類是按微生物的親緣關(guān)系相似程度把微生物歸入各分類單元或分類群(taxon)，以得到一個反映微生物進(jìn)化的自然分類系統(tǒng)、可供鑒定用的檢索表以及可給出符合邏輯的名稱的命名系統(tǒng)。所以微生物分類的具體任務(wù)就是分類(classification)、鑒定(identification)與命名(nomenclature)。
微生物形體微小與發(fā)生變異等特點微生物分類帶來了許多困難。加之，由于微生物的進(jìn)化關(guān)系一般較難搞清楚，因此在微生物分類中或多或少地?fù)诫s有人為和主觀的因素。正因為這樣，數(shù)值分類和遺傳分類等一些比較客現(xiàn)、可信度較高的分類法，在微生物分類中已得到越來越廣泛的應(yīng)用，尤其是遺傳分類法。。
進(jìn)行微生物分類鑒定前，首先必須獲得該微生物的純培養(yǎng)物，然后根據(jù)一系列分類特征進(jìn)行鑒定。一般是先根據(jù)形態(tài)特征鑒別其屬于哪一個大類(細(xì)菌、放線菌、酵母菌或霉菌)；再根據(jù)其生理生化特征、生態(tài)特征、免疫特征和遺傳特征等，借助于檢索表或鑒定手冊來依次確定是屬于哪個目、科、屬、種；最后與該種的模式種(type species)加以比較并命名。
第一節(jié) 微生物的分類單元
與其他生物的分類一樣，微生物分類的基本單元也是種(species)。微生物種是顯示高度相似性、親緣關(guān)系極其接近、與其他種有明顯差異的一群菌株的總稱。所以微生物學(xué)中的種帶有抽象的種群概念，但在具體分類之前，常用一個被定的、能代表這個種群的模式菌株或典型菌株(typestrain)作為該種的模式種來定種。模式種往往是定為一個新屬的第一個種或第一批種之一，也可以是在某一已知屬內(nèi)任意定的種。
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