單個樣品的固相萃取循環一般為20分鐘左右，一般廠家的固相萃取儀都差不多。所以，一般來說，儀器同步處理的樣品數越多，處理速度就越快。全自動固相萃取采用6通道+3種模式靈活萃取，提高了樣品處理速度。
三、全自動固相萃取儀能否有效避免萃取過程中流路的堵塞？
自動固相萃取儀應用過程中常遇到的問題：流路堵塞造成儀器故障。
在發生柱堵塞時，大部分固相萃取儀不能自動檢測，使樣品和溶劑泄露，造成嚴重損失和交叉污染。全自動固相萃取儀流路內置高靈敏壓力傳感器，當流路壓力>0.6Mpa時，系統會自動報警，從而有效保護裝置。
四、全自動固相萃取儀能否對交叉污染進行有效控制？
某些自動固相萃取儀，樣品和溶劑使用同一管路，易造成污染，尤其是無清洗功能的儀器，短時間內，管路就會殘留多種化合物，這是造成很多實驗失敗的根本原因。全自動固相萃取儀采用流路分離單元自動選擇溶劑，有機溶劑廢液有獨立的廢液通道，有效避免交叉污染。
五、用戶該如何選擇合適的固相萃取方法？
建立一個固相萃取方法，Z簡單的途徑是從已發表的標準文獻或SPE柱生產廠商提供的資料中查找。但是由于面對的樣品基質可能有所不同，甚至目標化合物也不同，因此，需要對這些方法中的萃取參數進行優化。
建立固相萃取方法分為三個步驟：
（a）匯集相關信息；
（b）建立初步的固相萃取方法；
（c）對方法中的參數進行優化；
全自動固相萃取儀AutoSPE控制軟件是一個用戶界面友好、圖示化的中文操作軟件，從系統的配置、方法的建立到建立特殊指令都充分考慮用戶的需求。軟件內設的固相萃取指令包括活化、上樣、淋洗、干燥、洗脫，以及實驗室常用的液體處理指令，從而使方法的建立和優化更加便捷。