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選擇好成像系統后，配套的軟件選擇也很重要。硬件設備再好，如果不配上好的軟件，也無法發揮它應有的功能。作為凝膠成像系統軟件功能和用途都基本相似，這里我們介紹一下關注的幾個特點：
A、軟件的基本功能：可對不同樣品，如條帶，斑點，細*菌克隆，芯片，細胞或者活體動物等，進行定性、定量分析，加批注，輸出圖像等操作。
B、圖像采集方式：對于化學發光或多色熒光產品，軟件應具備電影模式，可以進行圖像多禎累計功能來增強線性動態范圍和數據準確度。
C、操作簡便，軟件應具備操作輔助工具，使軟件操作更簡單易用。采用三步式泳道及條帶分析，可以快速計算蛋白質和核酸的分子量及含量。
D、數據庫功能也是不可少的，這樣可以檢索、分類或比較所有生成的圖像。可利用不同的顯示算法程序圖像化顯示條帶差異。
E、曝光方式：應采用單一曝光、多重曝光，累計曝光，延時(定時)曝光多種模式可選。
F、記憶功能：軟件能記憶并自動調用成像數據，這樣你不用每次設置就能獲得重復性好的結果。
G、軟件應配備兩套以上，使用單機版，多用戶版或網絡版，用戶可彼此獨立操作，互不干擾，互不混淆。
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