隨著NGS檢測的臨床有效性不斷地被驗證,實驗室檢測的樣本量逐漸地增多,實現NGS復雜流程在工作站上自動化是大勢所趨。但是,在開放式的工作站上,客戶如何實現樣本打斷自動化,一直沒有很好的解決方案。
通常,NGS建庫使用的打斷方法不外乎下面兩種,各有優勢又各有缺點。
一種是基于超聲波的物理打斷方法或稱為機械打斷。這種方法需要專門的設備和耗材,以Covaris的設備為代表。物理打斷有其 優勢,比如說樣本斷點的隨機性高,不會有位點的偏好,也不會受樣本純度的影響。然而物理打斷的設備和耗材成本很高,并且難以在工作站中整合超聲設備實現自動化。通常情況下物理打斷法處理一個樣本需要平均3-5分鐘的時間,因此一旦樣本數量變多,它就變成一個操作單一同時又極度耗時的方法。
另一種是基于酶切打斷的方法,包括轉座子或各種混合水解酶等對DNA進行化學切斷。酶切的方法不需要特殊的設備,只需要普通的PCR儀,可以批量的處理樣本并輕松在工作站上實現自動化。同時酶切較物理打斷的DNA損耗更小,文庫轉化效率更高,對于一些珍貴的樣本,文庫構建的 更好。但是,目前的酶切試劑盒存在或多或少的數據偏好性。除此之外,酶切建庫試劑盒構建的文庫會有一定比例的假陽性嵌合,特別是做一些基因融合檢測的應用時會干擾檢測結果的判讀。
雖然這些假陽性干擾可以通過數據分析進行過濾,但這對生信人員提出了更高的要求且帶來了更多的工作量。同時,酶切對于樣本會有比較高的要求,比如樣本的純度(特別是EDTA的含量)和樣本的降解程度,都會對酶切的效果產生諸多的影響。這使得實驗室對于不同來源或不同類型的樣本需要設置不同的SOP。對實驗室技術人員和管理人員都造成了一定的困擾。
如何整合物理打斷和酶切打斷的優勢,解決這些實現自動化的障礙?
答案是:
羅氏診斷KAPA EvoPlus Kit上市了!?
KAPA EvoPlus 主要解決了以下4個問題:
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圖1 100ng gDNA,37℃ 25 min 打斷,
KAPA UDI接頭,8循環擴增
(圖片來源:羅氏診斷整理)
對含有不同EDTA濃度緩沖液的DNA進行相同條件的打斷和建庫,可以看到文庫的大小都符合預期。
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圖2 與物理打斷的建庫試劑盒(KAPA HyperPrep)進行比較,
可以看到EvoPlus已經將假陽性的比例降至同一水平。
(圖片來源:羅氏診斷整理)
圖3 經內部測試,與國內外市場上同類型酶切建庫試劑盒
進行平行比較,Evoplus的假陽性比例 低。
(圖片來源:羅氏診斷整理)
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KAPA EvoPlus簡化了實驗流程,減少了移液步驟以降低交叉污染的風險,預混液及96孔板式包裝更匹配自動化工作站,另有管式包裝可供手動建庫用戶選擇。
圖4 打斷、末端修復和加A尾整合成一步反應,預混液包裝
無需進行反應體系配制,簡化實驗操作流程。
(圖片來源:羅氏診斷整理)
4
KAPA EvoPlus即便是ReadyMix預混液包裝,依然能長期穩定保存,試劑盒效期18個月。
圖5 經內部測試,打斷試劑在室溫5周之后
依然可以保持相當的打斷效果。
(圖片來源:羅氏診斷整理)
*僅用于科學研究,不用于臨床診斷。MC-CN-01945有效期至2025年1月26日
END
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