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有些樣品在環境溫度下不可研磨。冷凍研磨儀是一種可編程低溫研磨儀，專門用于研磨和研磨堅硬或溫度敏感的樣品。將樣品置于密封的低溫研磨小瓶中，然后浸入液氮中。樣品被冷卻至低溫，然后通過磁性穿梭沖擊器研磨。由于小瓶是密封的，低溫研磨儀保持其內容物的完整性。揮發性化合物得以保留、危險或關鍵樣品易于控制、清理工作得以簡化、交叉樣品污染易于消除。
典型應用：
1.保留易揮發物：在低溫的粉碎過程中，可保留樣品中容易揮發的成分。煤炭、油頁巖、蠟制品及許多其他具有低分子量化合物的有機材料，當其基質在室溫下研磨時會很快的揮發掉。使用SPEX冷凍研磨機研磨能確保易揮發化合物的保留，樣品瓶均獨立密封，確保對易揮發物質的控制，隨后通過氣體吹掃進行富集分析。
2.核酸/蛋白質提取 ：低溫下研磨各種動物組織包括：骨骼、牙齒、毛發、肌肉以及各種臟器，和植物組織(葉瓣、莖干、種子、根系)，能夠有效抑制核酸降解，保留酶的生物活性，用于新鮮動植物組織細胞中核酸、蛋白質提取的樣品前處理。人類的骨頭和牙齒用常規的方法非常難于粉碎，尤其是新鮮的時候。然而，骨骼材料可以在低溫下“磨碎"并從中提取DNA，無論骨骼是最近的或是古老的。
3.藥學分析和藥品檢測品：藥物中的復合分子和它們的代謝物，對于藥學研究或學實法醫學實驗都是非常重要的。研究表明區別相關的異構體之間的不同之處，有重要意義。使用SPEX冷凍研磨機/液氮研磨儀進行低溫冷凍研磨，可對熱和機械壓力敏感的藥物代謝物、異構體和復染化合物，保持其生物敏感特性，改善對于關鍵樣品的準備。
4.塑料/聚合物成分分析：低溫下使得常溫難以研磨的塑料、樹脂、紡織品和多聚物變得容易研磨，同時避免樣品研磨時，因摩擦引起溫度升高對樣品分子結構和組成信息影響，采用冷凍研磨技術對塑料樣品進行快速、無污染的處理，可大大提高分析測試速度。
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