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立體顯微鏡可以用于動物學、植物學、昆蟲學、組織學、礦物學、考古學、地質學和皮膚病學等的研究，也可以在紡織工業中原料及棉毛織物的檢驗，電子工業中作晶體管點焊、檢查等操作工具，各種材料的裂縫構成，氣孔形狀腐蝕情況等表面現象的檢查，以及在制造小型精密零件時作機床工具的裝置、工作過程的觀察、精密零件的檢查以及裝配工具。
立體顯微鏡的結構包括以下部分：
目鏡：上面標明的數字表示目鏡的放大倍數。
鏡筒：使光線通過。
細準焦螺旋：轉動鏡筒升降的幅度小。逆時針轉動，鏡筒上降；反之，則下降。
粗準焦螺旋：轉動鏡筒升降的幅度大。逆時針轉動，鏡筒上降；反之，則下降。
轉換器：用來轉換物鏡。
物鏡：上面的數字表示放大倍數。
鏡臂：把握部件。
載物臺：用來放玻片標本。
通光孔：使光線通過。
壓片夾：壓住玻片標本。
遮光器：上面有大小不等的圓孔，叫光圈，用來調節光線的強弱。
鏡柱：起支撐作用。
反光鏡：光強時使用平面鏡，光弱時使用凹面鏡。
鏡座：用來穩定鏡身。
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