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在實際分析過程中，液相色譜儀流動相與色譜柱的溫度，影響著組分的分離平衡，使用色譜柱溫箱的有益。
色譜柱溫箱的優點：
1.可以使保留時間相對恒定，對需要進行的定性鑒別可提高其可信度。
2.保留時間的重復性是色譜分析進行定量的基礎，這一點在色譜儀檢定規程中有嚴格的要求。不同的保留時間不僅不能判斷其成份的一致性，同時，由于保留時間不同峰面積也必將發生變化，其檢測結果的可信度將受質疑。
3.溫差較大時，因保留時間不穩將增加檢測工作的復雜性。
4.溫度低的時候，因流動相黏度增加而使檢測時間延長，同時增加泵的磨損，影響設備的使用壽命。
5.如果溫度過低也可能出現堵塞高壓恒流泵、管路、進樣閥、色譜柱的現象。其原因就是溫度低溶解度相對下降而出現緩沖鹽結晶。
6.溫度低時還因溶解度下降使雜質吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。
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