1.相信很多小伙伴將質粒電泳后發現，質粒不是單一條帶，而是出現了很多條帶，例如下圖：

2.質粒為什么出現這樣的情況？

一般理解來說，質粒DNA應如圖2（左）所示的簡單環狀結構。然而，雙鏈環狀DNA的分子軸變形或雙螺旋的扭曲，導致閉合環狀DNA中每個螺旋轉彎的實際堿基對數量發生變化，或者導致螺旋軸發生規則的空間變形，產生拓撲結構，形成質粒DNA的超螺旋性狀（圖2右）。

因此，不同的拓撲結構將使質粒DNA形成多種形式，包括共價封閉圓形（CCC）形式、開放圓形（OC）形式（也稱為“缺口形式”）和線性形式（通常通過奇特的限制性消化獲得）。在CCC形式中，兩條DNA鏈是共價閉合的，DNA是超螺旋的。這種亞型的結構最緊密。如果DNA斷裂產生缺口，就會產生OC，卷曲也就消失了。當兩條線在同一位置斷裂時，就會產生線性形式。此外，質粒可能以寡聚體形式出現，例如串聯體，而串聯體又可能以不同的異構體形式存在。所有這些形式都可以通過瓊脂糖凝膠電泳觀察到。但出現多少種條帶會根據你的質粒提取技術、質粒的新鮮程度、電泳液的配置以及瓊脂糖凝膠的配置等有所不同。

2.怎么區分質粒的電泳條帶？

一般來說，質粒遷移速度由快到慢分別是共價封閉原形（超螺旋）形式、線性和開放圓環（開環）形式，并伴隨著其他形式。原因是：電泳DNA遷移速率與分子大小和構象相關，分子構象越大，空間位阻阻力越大。超螺旋結構較為緊密，因此跑的快；開環質粒由于DNA斷開，阻力增大，因此跑的最慢。

3.怎么驗證質粒是否可用？

綜上所述，質粒存在多少條帶與多種因素相關，沒有存在絕對的衡量標準。但如果用限制性內切酶消化質粒DNA，只會出現一條清晰的條帶。并且，由于酶切形成線性化DNA片段，其電泳遷移速率會比對照組原始質粒的超螺旋結構速度慢，可以檢驗質粒是否被切開。

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