1)取出培育器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內翻開塑料包裝袋。
(2)將培育器逐一插放在不銹鋼座上。
(3)將集菌培育器的彈性軟管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順利。
(4)翻開待檢樣品的瓶蓋插針孔并消毒之，(若檢測安瓿樣品，先將安瓿頸部消毒，然后翻開并將安瓿)樣品瓶定位。
(5)拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，敞開集菌儀，施行過濾集菌(應防止雙芯針管進氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣)。
(6)完結集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典 規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
(7)消毒培育基瓶插針孔處。
(8)摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，套在培育器底口上，用軟管夾子，順次開閉軟管，敞開集菌儀，將培育基泵入指D的培育器內。
(9)用夾片夾閉與培育器銜接部的軟管，留下5～6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣過濾器開口上。
(10)別離按規則進行培育。
(11)調查培育狀況，若需取樣別離培育，可將軟管消毒，用無菌注。