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除了ATGC這四種堿基，人們對第五種堿基-甲基化的胞嘧啶的興趣也日益增加。甲基化修飾的存在對DNA轉錄的調控起了重要作用，異常的甲基化往往是許多疾病的起因。既然如此重要，系統繪制甲基化組的方法自然也多了起來。甲基化組（methylome）這個詞還不太常見，它指的是全基因組范圍內的甲基胞嘧啶。

zui近，美國Salk生物研究院的Joseph Ecker及其同事剛剛通過高通量測序的方法，展現了一張人胚胎干細胞中所有甲基胞嘧啶的完整圖譜1。這是*張單堿基分辨率的哺乳動物甲基化圖譜，并伴隨著mRNA和小RNA以及一些組蛋白修飾的比較分析。他們發現胚胎干細胞中近四分之一的甲基化是在非CG背景下，暗示胚胎干細胞采用不同的甲基化機制來影響基因調控。隨著ES細胞的誘導分化，非CG甲基化消失，而在iPSC中還原。這張圖譜為未來人類疾病和發育中的表觀遺傳學修飾研究打下了基礎。

去年，美國Whitehead研究院的Meissner等也曾繪制了類似的圖譜2。他們利用高通量的亞硫酸氫鹽測序和單分子測序，產生了覆蓋大部分CpG島的DNA甲基化圖譜。他們發現，DNA甲基化模式與組蛋白甲基化模式的相關性比基因組序列更好；CpG的甲基化是動態的表觀遺傳標志，在細胞分化期間經歷大量的改變。他們還發現，胚胎干細胞和原代細胞中與發育調控相關的“弱”CpG島在體外增殖期間經歷了異常的超甲基化，讓人想起某些原發腫瘤。

另外，兩個獨立的研究小組，分別為哈佛大學的George Church等，以及加州大學的Kun Zhang連同弗吉尼亞聯邦大學的Yuan Gao等，也將傳統的甲基化工具如DNA的重亞硫酸鹽轉化與目標基因組捕獲技術和高通量測序相結合，定量測定人基因組中的甲基化