色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗;另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被污染;如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大在后兩種情況發生時，小心擰開柱接頭，用潔凈小鋼將柱頭填料取出1~2mm高度(注意把被污染填料取凈)再把柱內填料整平然后用適當溶劑濕潤的固定相(與柱內相同)填滿色譜柱，壓平，再擰緊柱接頭這樣處理后柱效能得到改善，但是很難恢復到新柱的水平柱子失效通常是柱端部分，在分析柱前裝一根與分析柱相同固定相的短柱(5~30mm)，可以起到保護延長柱壽命的作用采用保護柱會損失一定的柱效，這是值得的 通常色譜柱壽命在正確使用時可達2年以上以硅膠為基質的填料，只能在pH2~9范圍內使用柱子使用一段時間后，可能有一些吸附作用強的物質保留于柱頂，特別是一些有色物質更易看清被吸著在柱頂的填料上新的色譜柱在使用一段時間后柱頂填料可能塌陷，使柱效下降，這時也可補加填料使柱效恢復每次工作完后，用洗脫能力強的洗脫液沖洗，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用完后應用無鹽流動相沖洗含鹵族元素(fu氯溴)的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸裝在HPLC儀上柱子如不經常使用，應每隔4~5天開機沖洗15分鐘。