BE3柱式厭氧反應器的特點是一個細長的圓柱形玻璃柱，分為兩部分，每部分帶有加熱套。在圓柱頂部，第三個未加熱部分收集氣體并供污水流出。在兩個加熱段之間是一個歧管，為儀表、取樣和加藥提供端口。反應器的進料由變速蠕動泵提供。

通過使溫水通過下部兩段的夾套循環，可以控制柱內物體的溫度。水在加熱箱中使用電加熱器加熱，使用PID控制，通過再循環泵分配。通常，反應器溫度設置為35°C，以適應原料中的厭氧菌。

柱內物體可使用變速泵從頂部循環至底部。再循環還可用于使支持生物質生長的介質床（如浮石）流態化。或者，圓柱可以作為無介質填充的膨脹顆粒污泥床反應器（EGSB）運行。

新型厭氧反應器的一個新特點是氣體收集系統。能夠在較長時間內準確測量氣體排放率。即使在產生極少量氣體的情況下，可以測量，同時在系統中保持較低的背壓，以免抑制氣體的釋放。工作原理是在水上收集已知體積的氣體。當收集罐裝滿時，氣體會自動排出并更換水。PLC計算循環次數以測量氣體總體積，并測量排放之間的時間以計算流量。

反應器配有一個pH加藥系統，包括PLC控制下的兩個蠕動泵，用于向反應器添加堿性溶液或酸性溶液（視情況而定）。用戶可以自定義要保持的pH值范圍。

為標準的5升化學品罐提供了儲存位置，使配料溶液能夠提前制備并在整個過程中保持在原位，從而將處理潛在有害化學品的需要降至。

除氣體收集速率和體積外，進一步測量反應器溫度、pH值、水溫和再循環流量。

數據都可以使用數據記錄器記錄在電腦上上