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Takara真香推薦—簡便好用的液態(tài)活檢解決方案之游離DNA篇
閱讀：1180發(fā)布時間：2020-10-12
| 在腫瘤早期篩查研究領(lǐng)域，循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）一直是各大廠商、科研工作者關(guān)注的重點。雖然ctDNA的應(yīng)用日趨成熟，但總有一些微量的ctDNA樣本無法用傳統(tǒng)技術(shù)完成高品質(zhì)文庫的構(gòu)建，特別是在進(jìn)行腫瘤早期診斷有重要價值的稀有突變分析時。 如何以微量ctDNA起始構(gòu)建可準(zhǔn)確分析稀有突變的文庫？Takara的解決方案是引入分子標(biāo)簽技術(shù)！ |
| ■ 微量ctDNA樣本無法準(zhǔn)確分析稀有變異? 自帶1600萬分子標(biāo)簽的建庫技術(shù)了解一下 |
| ThruPLEX Tag-Seq Kit是Takara推出的采用莖環(huán)形接頭，含1600萬種分子標(biāo)簽的DNA-Seq文庫構(gòu)建技術(shù)，足以準(zhǔn)確區(qū)分是測序錯誤還是真實的稀有突變！ |
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| 同時，該產(chǎn)品支持1-50 ng cfDNA起始，微量樣本的文庫構(gòu)建不再是難題！ ThruPLEX單管操作、手動15 min、總共兩小時，過程中無需轉(zhuǎn)管與純化，實驗小白也能輕松上手！ |
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| ● 實驗案例 |
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| 分別以10 ng及30 ng的cfDNA標(biāo)準(zhǔn)樣品（Horizon Diagnostics）起始，使用ThruPLEX Tag-seq kit制備文庫，然后使用Agilent SureSelect靶向序列富集系統(tǒng)定制Panel(110 KB)，或Roche的NimbleGen SeqCap EZ定制Panel（240 KB）進(jìn)行富集，使用illumina的NGS平臺進(jìn)行測序。得到的數(shù)據(jù)使用Curio（Curio Genomics）分析。 |
| 使用Agilent (30 ng DNA input)或Roche（10 ng DNA input）兩者中的任意一個靶向富集系統(tǒng)時，可以得到與已知的MAF（Minor Allele Frequency）同等的結(jié)果。 |
| （數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.） |
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| ● 實驗友好型的ctDNA稀有突變分析方案 |
| 可能有些剛開展ctDNA稀有變異分析項目的朋友會有所擔(dān)心，即便能簡便快捷地構(gòu)建NGS文庫，但后期如果沒有易用的生信分析流程，一樣會成為項目研發(fā)的阻礙。 |
| No Worries！以下三款生信分析工具，搭配ThruPLEX Tag-Seq使用，效果更佳！ |
Connor：GitHub平臺上一款開放型的生信工具，可以處理ThruPLEX Tag-Seq文庫的測序數(shù)據(jù)。Connor可以aligned BAM文件作為輸入量，分析分子標(biāo)簽信息，并生成含對應(yīng)序列的BAM文件，后續(xù)可結(jié)合突變分析軟件進(jìn)行分析，如FreeBayes等。
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