DNA 旋轉酶是一種不一樣的拓撲異構酶，因為它是能夠催化 DNA 負超螺旋的酶。該過程依賴于 ATP，通過雙鏈 DNA 的切割和重新連接以 2 步進行。
有關該反應的概述，請參閱：McKie , SJ 、 Neuman, KC和 Maxwell, A. ( 2021 )。DNA 拓撲異構酶：通過結構功能分析進一步了解細胞作用和多蛋白復合物。BioEssays ， 43 ，e2000286。
典型反應如下：
將 1 U DNA 促旋酶與 0.5 µg 松弛 pBR322 DNA 在 30 µl 反應體系中在 1X 檢測緩沖液中于 37°C 下孵育 30 分鐘
通過添加 30 µl 氯仿/異戊醇 (24/1) 和 30 µl 終止緩沖液 (STEB：40% 蔗糖、100 mM Tris.HCl (pH 7.5)、100 mM EDTA、0.5 mg/ml 溴酚藍) 來終止每個反應，然后將其加載到瓊脂糖凝膠上。(0.8%-1.0%：w/v)
凝膠可以在 TBE（90 mM Tris.Borate、2 mM EDTA）或 TAE（40 mM Tris.Acetate、2 mM EDTA）中運行，但如果在 TAE 中以最高 90V 運行 2 - 3 小時，超螺旋 pBR322 的分辨率會好得多。
典型凝膠：
所用的 DNA 底物（本例中為松弛的 pBR322）通常由瓊脂糖凝膠上的一系列條帶組成。這些條帶是拓撲異構體（具有不同連接數的 DNA）。
用 DNA 促旋酶處理松弛的 pBR322 可將松弛的拓撲異構體轉化為質粒的超螺旋形式，后者在瓊脂糖凝膠上遷移速度更快。還可以看到上部條帶，這是開環（有缺口）DNA，它存在于松弛的基質中，但與一些松弛的拓撲異構體一起遷移。
嵌入劑
如果凝膠槽中存在溴化乙錠或氯喹等污染物，則檢測可能會出現問題。這些化學物質是嵌入劑，會影響 DNA 的移動性，導致結果混亂。如果緩沖液中存在嵌入劑，則松弛的拓撲異構體會提高移動性，并大致在與負超螺旋質粒相同的位置運行。根據嵌入劑的量，負超螺旋 DNA 的移動性可能略低于正常水平。
核酸酶
如果檢測中存在污染性核酸酶（由于檢測緩沖液被污染或細胞表達的不純級分），切口可能會顯著增加，從而導致開環 DNA 的數量增加，并可能產生線性 DNA。這在 OC 和 SC 之間以單一帶的形式運行。
ATP
之前活性酶的活性喪失可能是由于緩沖液中 ATP 的劣化所致，盡管 5X 檢測緩沖液已被開發以盡量減少這種情況。如果發生活性喪失，則在反應中添加額外的 ATP 將克服該問題。
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