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DNA片段乳液包裹分選系統

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所  在  地北京市

更新時間:2024-04-26 23:03:22瀏覽次數:204次

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應用領域 醫療衛生,生物產業,農業,制藥,綜合
Xdrop DNA片段乳液包裹分選系統實現單分子、細胞、細胞器、納米顆粒封裝和高吞吐量分選。 DNA封裝使得能夠快速篩選大型復雜的基因庫。

Xdrop 是一種多功能且用戶友好的儀器,用于制備活的哺乳動物或微生物細胞、細胞器、DNA 或其他生物材料以進行高分辨率下游分析。

使用我們的Xdrop 試劑盒,Xdrop 安全快速地將活細胞、細胞器或 DNA 片段連同測定化學物質一起封裝在高度穩定的皮升體積雙乳化液滴中。這些液滴通過移液、渦旋、孵育、流式細胞術、分選,甚至長期儲存都很穩定。更重要的是,可以從液滴中回收細胞進行擴增。

   與適當的分析技術一起,Xdrop 應用包括:

人體免疫細胞、NK細胞

微生物細胞的酶分泌

哺乳動物細胞分泌細胞因子

驗證基因編輯,包括評估意外的在靶和脫靶重排

借助 Xdrop,研究人員可以更輕松地深入了解人類、動物、植物和微生物的細胞功能和基因組學。Xdrop 還可以為其他工作流程生成單乳液液滴,包括封裝 DNA 以進行無偏差的全基因組擴增。 我們提供 Xdrop 所需的全套試劑、試劑盒和附件。此外,用戶培訓是我們標準 Xdrop 安裝服務的一部分。

 

優勢

Xdrop 可以將活的哺乳動物或微生物細胞包裹在高度穩定的雙乳液滴中,用于功能測定、孵育、表型分析和篩選。

Xdrop 幫助 回答工程細胞和基因治療研究中的關鍵問題。

Xdrop 支持分子工程工作流程,包括酶進化和途徑工程。

Xdrop 具有用戶友好的界面和較小的占地面積,使每個分子生物學實驗室都能使用微流體的強大功能。

 

雙層乳化試劑盒

所有試劑都包含在試劑盒內,每次操作能封裝數百萬個細胞或分子。

應用實例:

1、全基因組的準確擴增

DNA片段乳液包裹分選系統

事實上,99%的靶基因組不止一次被文庫的測序讀取所覆蓋。

使用 Xdrop™ dMDA 技術擴增基因,即使在輸入量低至 1 pg 時也能保真準確的擴增全部基因。

 

2、基因定相Phasing

DNA片段乳液包裹分選系統

CYP2D6*7等位基因包含1個單核苷酸多態性SNP),而CYP2D6*25A包含22個SNP。

Xdrop技術能夠準確測出所有 23 種變體,包括Phasing(見圖)。

Xdrop™通過簡單的設計和長DNA片段(~100 kb)的間接序列捕獲為應用提供支持。結合長讀長測序,Xdrop™克服了在單個遺傳異質樣品中基因定相的困難。

富集的高保真度能夠檢測等位基因中的一個或多個SNP,并使從頭組裝能夠解決結構變化。

 

3、監測基因復雜的結構變化

DNA片段乳液包裹分選系統

對跨越斷點的讀數的詳細分析顯示,在8號染色體上的區域中存在多個HPV18整合位點。PacBio、Oxford Nanopore和Illumina數據集支持已識別的整合位點。

Xdrop®技術是一種新的靶向DNA富集方法,其可取之處在于可以選擇、富集和測序天然DNA片段。這允許富集大的基因組部分(約100kb),包括未知區域。使用Xdrop®方法生成的長片段不僅適用于長讀測序,還可以為短讀測序提供有價值的上下文信息。

 

4、對未知的感興趣區域(ROI)的測序

DNA片段乳液包裹分選系統

PCR和基于探針的靶向DNA富集方法需要密集的設計優化和完整的感興趣區域(ROI)知識。這些傳統方法在表征復雜的基因組環境(例如重復區域、結構變異、富含GC的區域)以及未知和重排的區域方面也失敗。為了克服這些限制,Samplix開發了一種新的微流體方法,即基于間接序列捕獲的Xdrop®富集工作流。

Xdrop®可以富集需要在檢測序列上設計單個引物對的長~100 kb)靶DNA區域,對應于ROI的一小部分或側翼區域。該擴增子專門用于檢測、選擇和富集全長ROI,最終進行捕獲和測序。

使用Xdrop®技術解決這些挑戰性區域的能力為解決許多其他挑戰性區域打開了大門,這些區域可能代表了很大比例的基因組。將Xdrop®富集與長讀和短讀測序技術相結合,可以提供所需的高分辨率,以快速且經濟的方式解決復雜的基因組場景,繞過全基因組測序。

 

5、識別和確認CRISPR基因編輯操作






通過簡單的設計和長DNA片段的間接序列捕獲,Xdrop有助于識別通常難以找到且成本高昂的轉基因插入位點。

構建體中的隨機整合和宿主基因組序列的存在使整合位點鑒定變得復雜。 Xdrop使驗證基因組工程變得簡單明了。


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