瓊脂糖凝膠是以瓊脂糖為支持介質制備的凝膠。瓊脂糖分為一般瓊脂糖和經化學修飾后熔點降低的低熔點瓊脂 糖，瓊脂糖的熔點在62?65°C之間，融化后在37°C下可維持液態數小時，30°C時凝固成膠。多用于對染色體DNA在凝膠內進行原位酶切及DNA片段回收。瓊脂糖凝膠 由于孔徑大常用于大分子蛋白質、DNA的分離。

基本結構
瓊脂糖凝膠是依靠糖鏈之間的次級鏈如氫鍵來維持網狀結構，網狀結構的疏密依靠瓊脂糖的濃度。一般情況下，它的結構是穩定的，可以在許多條件下使用（如水，pH4-9范圍內的鹽溶液）。瓊脂糖凝膠在40℃以上開始融化，也不能高壓消毒，可用化學滅菌活處理。
瓊脂糖 Agarose，縮寫為AG，是瓊脂中不帶電荷的中性組成成份，也譯為瓊膠素或瓊膠糖。瓊脂糖化學結構由β-D-吡喃半乳糖(1-4)連接3,6-脫水α-L-吡喃半乳糖基單位構成.

制作方法
把瓊脂糖，即幾乎不含硫酸根的主要成分為多糖的瓊脂，溶于熱水，冷卻制成的凝膠。

作用
制成的小顆粒用于凝膠過濾。適于用sephadex不能分級分離的大分子的凝膠過濾，若使用5%以下濃度的凝膠，也能夠分級分離細胞顆粒、病毒等。利用其吸附性小的特點，有時用它代替瓊脂、以作為免疫電泳或凝膠內沉降反應的支持物。