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表觀遺傳學(epigenetics)是目前分子生物學研究的熱點之一,DNA甲基化測序是表觀遺傳學的重要內容,是基因組DNA的主要表觀遺傳修飾形式之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶(DNMTs)的催化下,將甲基基團轉移到胞嘧啶堿基上的一種修飾方式。它主要發生在富含雙核苷酸CpG島的區域。正常情況下CpG島是以非甲基化形式(活躍形式)存在的,DNA甲基化可導致基因表達沉默。DNMTs的活性異常與疾病有密切的關系。對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育以及人類腫瘤發生,起著至關重要的作用。
上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。
Hi-MethylSeq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。
重亞硫酸鹽處理是DNA甲基化測序中基因組DNA處理的金標準,是一個化學過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現100%的轉換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq目標區域之外選取3段非CpG島序列作為內對照,準確評估樣本的轉化率。
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